Samtliga stiftelser är skyldiga att ansöka om organisationsnummer.
Från och med den 1 januari 2010 ska samtliga stiftelser ha ett organisationsnummer enligt lagen (1974:174) om identitetsbeteckning för juridiska personer m.fl. Detta torde även gälla de stiftelser som inte regleras av stiftelselagen.
Eftersom organisationsnummer numera är obligatoriskt för stiftelser, och länsstyrelserna för ett stiftelseregister är det lagstiftarens önskemål att även tilldelningen av organisationsnummer ska hanteras av länsstyrelserna i framtiden (prop. 2008/09:84 s. 33). Det är inte bestämt när övergången ska ske. Tills vidare ansöker man om organisationsnummer hos Skatteverket.
En stiftelse kan överklaga Skatteverkets beslut om organisationsnummer till förvaltningsrätten. För att överklaga till kammarrätten krävs prövningstillstånd.
Om en stiftelse upphör ska man anmäla detta till Skatteverket för inaktivering av organisationsnumret.
Läs mer om vad som konstituerar en stiftelse i stiftelselagen och tryggandelagen.