Om villkoren för undantag från omedelbar beskattning i 38 a kap. 7–9 §§ IL är uppfyllda träder i princip det övertagande företaget in i det överlåtande företagets skattemässiga situation (38 a kap. 10–20 §§ IL).
För kapitaltillgångar gäller att det övertagande företaget träder in i det överlåtande företagets skattemässiga situation (38 a kap. 14 § andra stycket IL). Med kapitaltillgångar avses de tillgångar för vilka man ska göra en vinstberäkning enligt reglerna för kapitalvinster (25 kap. 3 § IL).
Genom att det överlåtande företaget inte tar upp någon kapitalvinst och inte heller får göra något avdrag för en kapitalförlust vid en partiell fission, upprätthålls den skattemässiga kontinuiteten (38 a kap. 12 § IL).
När en näringsfastighet som är en kapitaltillgång eller en näringsbostadsrätt övertas genom en partiell fission, anses det övertagande företaget ha gjort de värdeminskningsavdrag och liknande avdrag som det överlåtande företaget gjort. Detsamma gäller utgifter för förbättrande reparationer och underhåll som det överlåtande företaget haft (38 a kap. 13–14 §§ IL).
Den skattemässiga kontinuiteten upprätthålls genom att det överlåtande företaget inte återför värdeminskningsavdrag och de värdehöjande reparationerna vid den partiella fissionen (38 a kap. 13 § IL).
För andra tillgångar än kapitaltillgångar, t.ex. lager och inventarier, gäller att det övertagande företaget anses ha förvärvat tillgångarna för deras skattemässiga värden (38 a kap 14 § IL).
Den skattemässiga kontinuiteten uppehålls genom att det överlåtande företaget anses ha avyttrat dem för samma värden. Därmed uppstår ingen vinst eller förlust hos det överlåtande företaget i samband med den partiella fissionen (38 a kap. 11 § IL).
Vad som avses med skattemässigt värde framgår av 2 kap. 31–33 §§ IL.
När en fastighet som är en lagertillgång hos det överlåtande företaget övertas genom en partiell fission och det överlåtande företaget har gjort värdeminskningsavdrag som medgivits skattemässigt, men inte i bokföringen, ska dessa avdrag återföras hos överlåtaren (jämför 38 a kap. 13 § och 26 kap. 12 § IL).
I vissa fall är den skattemässiga värderingen av lagertillgångar frikopplad från den redovisningsmässiga värderingen. Högsta förvaltningsdomstolen har i HFD 2011 ref. 64 klargjort att den skattemässiga värderingen av lagertillgångar, när det gäller anskaffningsvärdet i samband med förvärvet, i vissa fall följer särskilda skatteregler och är frikopplad från den redovisningsmässiga värderingen. Det redovisningsmässiga anskaffningsvärdet ska i dessa fall inte påverka det skattemässiga resultatet vid förvärvstillfället. Se även Beskattning vid kvalificerad fission.
Om endast en del av det överlåtande företagets totala innehav av inventarier och andra sådana tillgångar övertas genom en partiell fission, får det överlåtande företaget uppskatta det skattemässiga värdet. Här avses de tillgångar som omfattas av reglerna om värdeminskningsavdrag enligt 18 kap. IL. Detta innebär att en skälig del av hela det skattemässiga värdet får tas upp som intäkt hos det överlåtande företaget enligt 38 a kap. 11 § IL. Enligt förarbeten kan i sådana fall det överlåtande företagets interna avskrivningsplaner komma till användning. Det anges även att det skattemässiga värdet av en tillgång kan uppskattas med ledning av det överlåtande företagets anskaffningsvärde, av tillämpade avskrivningssatser för olika beskattningsår samt av tiden som tillgången innehafts (prop. 2006/07:2 s. 116 och prop. 1998/99:15 s. 290).
Om värdet på de övertagna inventarierna eller andra liknande tillgångar tas upp i det övertagande företagets räkenskaper till ett värde som är högre än det skattemässiga värdet hos överlåtaren, får man använda räkenskapsenlig avskrivning endast under förutsättning att man tar upp skillnaden som intäkt. Här avses de tillgångar som omfattas av reglerna om värdeminskningsavdrag enligt 18 kap. IL.
Intäkten ska tas upp det beskattningsår då den partiella fissionen genomförs, eller fördelas med lika belopp detta beskattningsår och de två följande beskattningsåren (38 a kap. 20 § IL).
I det fall en goodwillpost uppstår hos det övertagande företaget vid en partiell fission, ska den inte behandlas som ett inventarium vid beskattningen, se RÅ 2009 ref. 28 som avsåg en verksamhetsavyttring. I bokföringen ska en sådan goodwillpost skrivas av enligt god redovisningssed. På grund av reglerna om skattemässig kontinuitet i 38 a kap. blir avskrivningen dock inte skattemässigt avdragsgill.
Periodiseringsfonder och ersättningsfonder som det överlåtande företaget har ska övertas av det övertagande företaget – om båda företagen begär det. Om fonderna övertas anses det övertagande företaget ha gjort avsättningarna till fonderna, samt fått avdragen för avsättningar vid de taxeringar som avdragen medgivits hos överlåtaren (38 a kap. 15 § IL).
Om en partiell fission bara omfattar en del av överlåtarens tillgångar får högst en så stor andel av fonderna tas över som motsvaras av avyttringen, d.v.s. förhållandet mellan överlåtarens skattemässiga värde på avyttrande tillgångar och motsvarande värde på överlåtarens samtliga tillgångar vid tidpunkten för den partiella fissionen.
Vad som avses med skattemässigt värde framgår av 2 kap. 31–33 §§ IL.
Reserveringar för framtida utgifter som det överlåtande företaget gjort får övertas av det övertagande företaget, om reserveringarna avser det som avyttras. Det blir det övertagande företaget som ska återföra avdragen för framtida utgifter. För att reserveringarna ska kunna tas över måste båda företagen begära det (38 a kap. 16 § IL).
Det övertagande företaget kan inte överta överlåtande företags rätt till avdrag för underskott enligt 40 kap. IL, avdrag för kvarstående kapitalförluster på fastigheter enligt 25 kap. 12 § IL eller avdrag för kvarstående kapitalförluster på delägarrätter enligt 48 kap. 26 § IL (38 a kap. 17 § IL).
Rätten till avdrag för det övertagande företagets egna underskott kan i vissa fall begränsas vid en partiell fission (40 kap. 2 § och 38 a kap. 18 och 19 §§ IL). Anledningen till detta är att reglerna om underprisöverlåtelser i 23 kap. IL annars skulle kunna kringgås.
Först det sjätte beskattningsåret efter det att en partiell fission genomförts får det övertagande företaget dra av underskott som kvarstår från beskattningsåret före den partiella fissionen. Rätten till avdrag för underskott begränsas också på motsvarande sätt för företag som det övertagande företaget med avdragsrätt kan lämna koncernbidrag till, under det beskattningsår då den partiella fissionen genomfördes (38 a kap. 18 § IL).
Om koncernbidrag kan lämnas med avdragsrätt mellan det överlåtande och övertagande företaget för det beskattningsår under vilket den partiella fissionen sker, gäller dock begränsningen i rätten till underskottsavdrag bara om det finns en s.k. koncernbidragsspärr (jämför 40 kap. 18 och 19 §§ IL) mellan företagen. Underskotten spärras i så fall under den period som koncernbidragsspärren skulle ha gällt om den partiella fissionen inte hade skett, jämför prop. 2006/07:2 s. 117 och 38 a kap. 19 § andra stycket 1 IL.
Begränsningen i rätten till avdrag för underskott enligt 38 a kap. 18 § IL gäller också om det för ett företag, till vilket det övertagande företaget kan lämna koncernbidrag utan avdragsbegränsning, gäller en koncernbidragsspärr om detta företag indirekt, via det övertagande företaget, får koncernbidrag från det överlåtande företaget avseende det beskattningsår då verksamhetsavyttringen genomförs (38 a kap. 19 § andra stycket 2 IL).
Avdragsbegränsningen i 38 a kap. 18 § IL gäller också om det övertagande företaget med avdragsrätt kan lämna koncernbidrag till ett annat företag det år då verksamhetsavyttringen sker, och det i det andra företaget finns en koncernbidragsspärr för koncernbidrag som lämnas från det överlåtande företaget indirekt, via det övertagande företaget (38 a kap. 19 § andra stycket 2 IL, prop. 1998/99:113 s. 22–23 och prop. 2006/07:2 s. 117).