När skattskyldigheten inträder beror bland annat på vid vilken tidpunkt avfallet förs in till eller uppkommer på anläggningen.
För avfall som förs in till en sådan anläggning som avses i 1 § första stycket LSA, här kallad konventionell anläggning, inträder skyldigheten att betala skatt när avfallet förs in till anläggningen (8 § 1 LSA).
På en avfallsanläggning som omfattas av LSA kan det förvaras material som förts in på anläggningen innan lagen började gälla. Om sådant material flyttas till en annan anläggning som också omfattas av LSA, inträder skattskyldigheten när avfallet förs in på den anläggningen (SRN 2000-10-02).
För avfall som uppkommer inom en sådan anläggning som avses i 1 § andra stycket LSA, här kallad industrianläggning, inträder skyldigheten att betala skatt när avfallet uppkommer inom anläggningen (8 § 2 LSA).
Skatteverket anser att avfall uppkommer när det inte längre är under process. I normalfallet uppkommer avfall när det placeras på en särskild plats inom anläggningen för att deponeras där. Om avfall exempelvis transporteras i ett rör, uppkommer avfallet inte förrän avfallet lämnar röret för att deponeras eller förvaras under längre tid än tre år. Först då inträder skattskyldigheten. Ett skäl till Skatteverkets uppfattning är att det i princip kommer att råda konkurrensneutralitet mellan industrier som anlitar avfallsanläggningar för att hantera avfallet och anläggningar som har egen deponi, vad gäller tidpunkten för när skattskyldigheten inträder.
När det gäller rester som uppstår efter en genomförd behandlingsåtgärd enligt 6 § tredje stycket LSA, inträder skattskyldigheten när åtgärden har slutförts (8 § 3 LSA). De behandlingsåtgärder som avses är kompostering, reaktorbaserad rötning, förbränning, brikettering samt avvattning och rening av flytande avfall.
Kompostering och reaktorrötning slutförs vanligen i och med att verksamhetsutövaren avyttrar de jordmassor, den rötrest eller den metangas som uppstår (prop. 1998/99:84 s. 114).