Skatteverket kan återbetala särskild inkomstskatt när den skattskyldige har rätt till avräkning av utländsk skatt (omvänd credit) och när en utbetalare har gjort ett för stort skatteavdrag för särskild inkomstskatt.
I vissa skatteavtal finns regler om så kallad omvänd credit. När en inkomst har beskattats både i Sverige och i ett annat land ska avräkningen göras från den svenska källskatten för den skatt som har betalts i det andra landet. Den skattskyldige har efter ansökan rätt till återbetalning av del av eller hela den särskilda inkomstskatt enligt SINK han betalt i Sverige (54 kap 4§ SFL).
För att den skattskyldige ska kunna få sin skatt återbetald ska han eller hon komma in med en särskild utredning om vilken särskild inkomstskatt och vilken utländsk skatt han har betalt (13 kap 1 § SFF).
När det finns ett beslut om särskild inkomstskatteredovisning ska utbetalaren göra avdrag för särskild inkomstskatt enligt SINK. Om esättningen är skattepliktig enligt A-SINK ska utbetalaren göra avdrag för särskild inkomstskatt enligt A-SINK. Om utbetalaren har gjort för stort skatteavdrag har den skattskyldige efter ansökan rätt till återbetalning av för mycket innehållen skatt (54 kap. 3 § första stycket SFL). Till ansökan ska han eller hon bifoga en utredning av hur mycket särskild inkomstskatt som betalats (13 kap 1 § SFF).
Återbetalning kan bli aktuell i exempelvis följande situationer:
Ansökan om återbetalning ska ha kommit in till Skatteverket senast det sjätte året efter utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut (54 kap 3 § andra stycket SFL).
När den skattskyldige själv ska betala den särskilda inkomstskatten redovisas skatten på skattekontot. När Skatteverket betalar tillbaka sådan skatt sker detta via skattekontot efter omprövningsbeslut eller beslut av domstol.
Om arbetsgivaren har gjort avdrag för särskild inkomstskatt men beskattning ska ske enligt IL, och detta resulterar i att den skattskyldige ska få tillbaka skatt, så sker detta via skattekontot efter en slutskatteberäkning.