Vägavgiften kan betalas tillbaka om avgiftsplikten upphör eller om vägavgiften ska tas ut med ett annat belopp.
För svenskt fordon betalar Transportstyrelsen tillbaka vägavgiften automatiskt utan ansökan.
Vägavgiften ska betalas tillbaka om
Vägavgiften återbetalas till den som är avgiftsskyldig (17 § andra stycket LVA).
Om den vägavgift som ska återbetalas inte har betalats ska avgiften sättas ned (17 a § första stycket LVA).
Skatteverket ska efter ansökan besluta om återbetalning av vägavgift som har betalats i Sverige.
Skatteverket kan besluta att återbetalningen ska verkställas av en viss juridisk person (22 § LVA, 13 § FVA).
Skatteverket har beslutat att återbetalningen av vägavgiften för ett utländskt fordon ska verkställas av den juridiska person som Nederländerna har slutit avtal med om att administrera det gemensamma betalningssystemet.