Som beslutsmyndighet ska Skatteverket pröva om ett överklagande har kommit i rätt tid. Om överklagandet inte avvisas för att det har kommit in för sent ska det skyndsamt överlämnas till den instans som ska pröva överklagandet, vanligtvis förvaltningsrätten.
Som beslutsmyndighet ska Skatteverket pröva om överklagandet har kommit in i rätt tid (45 § FL). Med ”rätt tid” menas den treveckorsperiod som föreskrivs i 44 § FL eller den särskilda tid för överklagande som i vissa fall följer av specialbestämmelser (se Hur beslut överklagas och inom vilken tid och Särskilt om olika ämnesområden för beslut där överklagandetiden regleras i speciallagar).
Eftersom Skatteverket i vissa fall är skyldigt att ändra sitt beslut enligt 38 § FL bör verket normalt ta upp frågan om ändring innan man avgör om överklagandet har kommit in i rätt tid. Skatteverket ska alltså först överväga om det finns anledning att rätta eller ändra beslutet innan verket prövar om överklagandet har kommit in i rätt tid och därefter, i förekommande fall, överlämna handlingarna till förvaltningsrätten (prop. 2016/17:180 s. 268).
När överklagandet har kommit in i rätt tid behöver Skatteverket i allmänhet inte meddela något formellt beslut om detta. Men det är lämpligt att stämpla eller anteckna på överklagandet att det har kommit in i rätt tid (se Hur ankomstdagen för en handling ska bestämmas).
Om Skatteverket lämnar över ett överklagande till förvaltningsrätten enligt 46 § första stycket FL får det anses innebära att överklagandet har kommit in i rätt tid om inte något annat uttryckligen framgår av de överlämnade handlingarna (prop. 2016/17:180 s. 267).
Om ett överklagande har kommit in för sent ska Skatteverket inte ta upp överklagandet till prövning utan avvisa det. Den regeln får man bara undantag från om det är uttryckligt föreskrivet, som t.ex. i 45 § andra stycket FL.
Om Skatteverket har bedömt att ett överklagande har kommit in för sent men ändå har överlämnat det till förvaltningsrätten, ska förvaltningsrätten skicka tillbaka överklagandet till Skatteverket för prövning av om det ska avvisas för att det har kommit in för sent (HFD 2018 ref. 9).
Skatteverket ska inte avvisa ett överklagande om det sena överklagandet beror på att Skatteverket har lämnat felaktig eller ingen information om hur man överklagar (45 § andra stycket 1 FL och prop. 2016/17:180 s. 268).
Om klaganden inom överklagandetiden vänder sig till förvaltningsrätten i stället för till Skatteverket med sitt överklagande ska det inte avvisas (45 § andra stycket 2 FL). I stället ska förvaltningsrätten hjälpa klaganden och skicka skrivelsen till Skatteverket. Förvaltningsrätten ska också ange vilken dag som överklagandet kom in, t.ex. genom att stämpla skrivelsen med datum (se 47 § andra stycket FL). Skatteverket behöver veta detta för att kunna pröva om överklagandet har kommit in i rätt tid. För att undvika missförstånd kan förvaltningsrätten informera klaganden om att skrivelsen har sänts över till Skatteverket.
Skatteverkets bedömning av om överklagandet har kommit in i rätt tid är bindande för förvaltningsrätten. Förvaltningsrätten är alltså inte behörig att pröva den frågan, men ska pröva om övriga förutsättningar för att kunna ta upp ett överklagande till prövning är uppfyllda. Den måste alltså t.ex. pröva om
Det är alltså endast förvaltningsrätten som får pröva om ett överklagande ska avvisas på någon annan grund än att det har kommit in för sent (47 § första stycket FL).
Om Skatteverket inte avvisar överklagandet på grund av att det har kommit in för sent ska verket skyndsamt lämna över överklagandet och övriga handlingar i ärendet till förvaltningsrätten (46 § första stycket FL). Överlämnandet bör ske inom en vecka från överklagandet (prop. 2016/17:180 s. 269).
Om Skatteverket ändrar ett överklagat beslut ska verket överlämna även det nya beslutet till förvaltningsrätten. Överklagandet ska anses omfatta det nya beslutet (46 § andra stycket FL). Ett överklagande ska alltså alltid överlämnas till överinstansen, om det inte avvisas (prop. 2016/17:180 s. 271).
Om en förvaltningsdomstol begär det ska Skatteverket yttra sig över överklagandet (prop. 1985/86:80 s. 75).
I vissa fall kan det vara lämpligt att Skatteverket bifogar ett eget yttrande när verket överlämnar överklagandet och övriga handlingar till förvaltningsrätten. Det gäller framför allt om Skatteverket kan förutse att verket annars får tillbaka ärendet på remiss. Det finns dock ingen direkt skyldighet att självmant lämna ett yttrande. Skatteverket och förvaltningsrätten bör med fördel komma överens om vad som är lämpligt i aktuellt fall. Ibland är det önskvärt att Skatteverket meddelar varför verket inte ändrat sitt beslut.
Det finns inte något krav att Skatteverket måste underrätta klaganden om att överklagandet har skickats till förvaltningsrätten, men det kan ofta vara lämpligt att göra det.