Varje redovisningsperiod ska Skatteverket fatta beslut när det gäller skatteavdrag, arbetsgivaravgifter, mervärdesskatt och punktskatt, med ledning av skattedeklarationer och andra tillgängliga uppgifter. Vid vissa specialsituationer ska man fatta beslut om skatten på annat vis.
Förvaltningslagen innehåller grundläggande regler för förvaltningsförfarandet. Om en annan lag eller förordning innehåller någon bestämmelse som avviker från förvaltningslagen så gäller den bestämmelsen (4 § FL). Skatteförfarandelagen och mervärdesskattelagen, liksom författningar som rör punktskatter, vägtrafikskatt, trängselskatt m.m., är specialförfattningar i förhållande till förvaltningslagen. I förarbetena till förvaltningslagen (prop. 2016/17:180 s. 38) uttalas att endast sådana avvikelser som klart framgår av den speciella författningen har företräde. Flertalet förfarandefrågor som regleras i förvaltningslagen behandlas dock inte i de nämnda specialförfattningarna.
Skatteverket fattar beslut om skatteavdrag, arbetsgivaravgifter, mervärdesskatt och punktskatt för varje redovisningsperiod för sig, med ledning av innehållet i skattedeklarationer och andra tillgängliga uppgifter (53 kap. 1 § första stycket SFL).
Den som är registrerad för nämnda skatter och avgifter ska lämna en skattedeklaration för varje redovisningsperiod (26 kap. 3 § andra stycket SFL, 26 kap. 5 § andra stycket SFL respektive 26 kap. 6 § andra stycket SFL). Besluten gäller enbart skatteavdrag, arbetsgivaravgifter, mervärdesskatt och punktskatt. Däremot saknar innehållet i 53 kap. 1 § SFL relevans för beslut om F-skatt, särskild A-skatt och preliminär A-skatt samt beslut om slutlig skatt.
Om mervärdesskatt ska redovisas i en särskild skattedeklaration för varje förvärv enligt 26 kap. 7 § andra stycket SFL, ska man fatta beslut för varje förvärv med ledning av innehållet i den särskilda skattedeklarationen och andra tillgängliga uppgifter (53 kap. 1 § andra stycket första meningen SFL). Den typ av förvärv som avses är vissa förvärv från annat EU-land där den som är skattskyldig för mervärdesskatt ska redovisa mervärdesskatten i en särskild skattedeklaration för varje förvärv.
Om återbetalning för ingående skatt har begärts i en särskild skattedeklaration för varje omsättning, enligt 26 kap. 7 § tredje stycket SFL, ska beslut om skatten fattas för varje omsättning med ledning av innehållet i den särskilda skattedeklarationen och andra tillgängliga uppgifter (53 kap. 1 § andra stycket andra meningen SFL).
Om punktskatt ska redovisas i en särskild skattedeklaration för varje händelse som medför skattskyldighet, ska man fatta beslut om skatten för varje händelse med ledning av innehållet i den särskilda skattedeklarationen och andra tillgängliga uppgifter (53 kap. 1 § tredje stycket SFL).
Bestämmelser om beslut om ansvar för den som har betalat ut ersättning utan att göra skatteavdrag med rätt belopp, finns i 59 kap. 2–6 §§ SFL.
Om den enskilda har lämnat en skattedeklaration i rätt tid och på rätt sätt så anses beslut ha fattats i enlighet med deklarationen, så kallade automatiska beslut (53 kap. 2 § första stycket SFL).
Skatteavdrag och arbetsgivaravgifter för en och samma redovisningsperiod kan i vissa fall redovisas i två eller flera olika skattedeklarationer. Om någon som inte bedriver näringsverksamhet anlitar en fysisk person för att utföra t.ex. trädgårdsarbete får ersättningen för trädgårdsarbetet redovisas i en förenklad arbetsgivardeklaration. En förenklad arbetsgivardeklaration ska lämnas för varje redovisningsperiod och för varje betalningsmottagare. Det kan alltså förekomma att en privatperson redovisar skatteavdrag och arbetsgivaravgifter i två eller flera förenklade arbetsgivardeklarationer för samma redovisningsperiod (26 kap. 4 § SFL).
Om det har fattats ett automatiskt beslut i enlighet med en förenklad arbetsgivardeklaration enligt vad som föreskrivs i 53 kap. 2 § första stycket SFL och ytterligare en sådan förenklad arbetsgivardeklaration därefter kommer in för sent, ska beslut om skatten och avgifterna enligt andra styckets nämnda lagrum anses ha fattats i enlighet med denna försenade deklarationunder förutsättning att en eller flera förenklade arbetsgivardeklarationer har lämnats (punkt 1) och omprövning inte har begärts eller beslutats (punkt 2) (53 kap. 2 § andra stycket SFL). Det måste alltså finnas ett beslut enligt första stycket (prop. 2010/11:165 s. 972).
Utan regleringen i andra stycket hade Skatteverket varit tvunget att ompröva beslutet med anledning av den i rätt tid inkomna deklarationen, trots att det inte handlar om att avvika från de deklarerade uppgifterna. Syftet med reglerna är alltså att undvika ett onödigt omprövningsförfarande (prop. 2001/02:45 s. 34).
Om en deklaration inte har lämnats eller om skatter och avgifter inte har redovisats i deklarationen, ska varje oredovisad skatt eller avgift bestämmas till noll kronor, så kallade nollbeslut (53 kap 4 § första meningen SFL). Om den enskilda därefter redovisar skatten ska man, om ett omprövningsbeslut inte redan meddelats, tillämpa 53 kap. 4 § andra meningen SFL. Detta innebär att ett beslut istället anses ha fattats i enlighet med redovisningen. Arbetsgivaravgifterna kan t.ex. ha redovisats i tid medan skatteavdragen har redovisats i en för sent inkommen deklaration. I sådana fall anses de oredovisade skatteavdragen ha beslutats till noll kronor. När skatteavdragen sedan redovisas av den enskilda, anses ett beslut om skatteavdrag i stället ha bestämts i enlighet med denna för sent inkomna deklaration om inte nollbeslutet har omprövats innan dess.
Trots att det alltså funnits ett nollbeslut anses det senare beslutet, i enlighet med deklarationen, inte som ett omprövningsbeslut. Detta förhållande är betydelsefullt när det gäller uttaget av kostnadsränta (se 65 kap. 4 §, 8 § och 15 § SFL). Se vidare HFD 2012 ref. 7 som gällde motsvarande regel i skattebetalningslagen.
Om Skatteverket har beslutat om skatteavdrag och arbetsgivaravgifter i enlighet med en deklaration som lämnats i rätt tid och på rätt sätt och det därefter kommer in en korrigerad arbetsgivardeklaration, så får skatten och avgifterna inte ändras automatiskt. Skatteverket måste ompröva beslutet eftersom den korrigerade deklarationen, enligt vanliga regler, är att anse som en begäran om omprövning. För att detta klart ska framgå, så undantas i 53 kap. 2 § andra stycket 2 skatteförfarandelagen inte bara fall där beslutet enligt första stycket har hunnit omprövas, utan även fall där omprövning har begärts.
Om det efter att den enskilda har begärt omprövning, men innan beslutet har omprövats, kommer in en förenklad arbetsgivardeklaration, får den tas med vid omprövningen (prop. 2010/11:165 s. 973).
Den som är registrerad enligt 7 kap. 1 § SFL ska lämna en arbetsgivardeklaration för varje redovisningsperiod. Men om den registrerade skriftligen upplyser Skatteverket om att det varken finns skatteavdrag eller arbetsgivaravgifter att redovisa för en viss redovisningsperiod, så behöver någon deklaration inte lämnas för den perioden (26 kap. 3 § andra stycket SFL). Om den registrerade skriftligen har upplyst Skatteverket om att det inte finns något att redovisa anses skatteavdrag och arbetsgivaravgifter ha beslutats till noll kronor. Beslutet om noll kronor anses fattat den dag då deklarationen annars skulle ha lämnats (53 kap. 3 § SFL). Denna bestämmelse behövs för att det ska finnas något beslut för Skatteverket att ompröva om det senare visar sig att det t.ex. fanns avgift som skulle ha redovisats (prop. 2010/11:165 s. 973).
Om skatteavdrag, arbetsgivaravgifter, mervärdesskatt eller punktskatt genom ett automatiskt beslut har bestämts till noll kronor, på grund av att deklarationen inte alls har lämnats eller att skatten eller avgifter inte har redovisats, kan det bli aktuellt att skönsbeskatta enligt 57 kap. SFL.
Beslut om återbetalning och kompensation av de skatter som räknas upp i 53 kap. 5 § skatteförfarandelagen fattas enligt respektive punktskattelag och inte enligt skatteförfarandelagen. Ett exempel på en punksskattelag är lag (1994:1564) om alkoholskatt. Bestämmelserna om betalning, anstånd, ränta, indrivning, särskilda avgifter, omprövning och överklagande ska gälla för besluten om återbetalning av punktskatt (prop. 2001/02:127 s. 173 f.). För att uppnå detta föreskrivs enligt skatteförfarandelagen att besluten om återbetalning m.m. ska anses som beslut om punktskatt (prop. 2010/11:165 s. 974).