För pensionsstiftelser beräknas underlaget för avkastningsskatt i två steg. Först beräknas ett kapitalunderlag och därefter ett skatteunderlag (3 § AvPL).
Begreppet beskattningsår i avkastningsskattelagen har samma innebörd som i inkomstskattelagen (12 § AvPL). För pensionsstiftelser innebär det att beskattningsåret för avkastningsskatt alltid är detsamma som räkenskapskapsåret (1 kap. 15 § första stycket IL).
Kapitalunderlaget beräknas som värdet av tillgångarna vid ingången av beskattningsåret minskat med värdet av finansiella skulder vid samma tidpunkt (3 a § första stycket första meningen AvPL).
I kapitalunderlaget ska endast värdet av sådana tillgångar som förvaltas för försäkringstagarnas räkning räknas med (jämför 3 a § andra stycket 1 AvPL). Högsta förvaltningsdomstolen har klargjort att en pensionsstiftelse ska räkna med värdet av stiftelsens tillgångar i kapitalunderlaget trots att en pensionsstiftelse inte förvaltar några tillgångar för försäkringstagares räkning (HFD 2011 not. 73).
Med tillgångar avses både omsättningstillgångar och anläggningstillgångar (prop. 1992/93:187 s. 221).
En pensionsstiftelse kan enligt god redovisningssed inte redovisa någon fordran på en arbetsgivare för en tjänstepensionsutfästelse som arbetsgivaren tänker trygga genom en framtida överföring till pensionsstiftelsen. Kapitalunderlaget kommer därför att påverkas först det beskattningsår då arbetsgivaren faktiskt för över tillgångarna till pensionsstiftelsen.
Kapitalunderlaget ska minskas med värdet av den skattskyldigas finansiella skulder (3 a § första stycket första meningen AvPL).
Finansiella skulder är sådana skulder som har ett direkt samband med förvaltningen av pensionskapitalet som exempelvis lån mot säkerheter i egna fastigheter eller redovisningstekniska periodiseringar av inkomster och utgifter (prop. 1992/93:187 s. 221).
En bokförd skuld till en arbetsgivare för en beslutad men ännu inte utbetald gottgörelse är en sådan finansiell skuld som ska minska kapitalunderlaget (RÅ 2004 ref. 30).
Ett utländskt tjänstepensionsinstitut som kan likställas med en pensionsstiftelse och som meddelar avtal om tjänstepension från ett fast driftställe i Sverige ska bara räkna med värdet av sådana tillgångar och skulder som avser den verksamhet som bedrivs i Sverige i kapitalunderlaget (3 a § första stycket andra meningen AvPL).
När man beräknar kapitalunderlaget finns särskilda värderingsregler för vissa tillgångar och skulder. Övriga tillgångar och skulder värderas till sina bokförda värden (5 § AvPL och prop. 1992/93:187 s. 223 ff.).
Det finns särskilda värderingsregler för fastigheter, noterade värdepapper, fastighetsförvaltande dotterföretag, värdepappersfonder och onoterade fordringar och skulder. Värderingsreglerna är desamma som för livförsäkringsföretag och utländska tjänstepensionsinstitut. Läs hur tillgångarna och de finansiella skulderna värderas.
Skatteunderlaget är en schablonmässig avkastning på kapitalunderlaget (prop. 1992/93:187 s.162).
Skatteunderlaget för pensionsstiftelser beräknas genom att multiplicera kapitalunderlaget med den genomsnittliga statslåneräntan under kalenderåret närmast före ingången av beskattningsåret. Skatteunderlaget ska som lägst beräknas till 0,5 procent av kapitalunderlaget. Det innebär att om den genomsnittliga statslåneräntan är lägre än 0,5 procent ska skatteunderlaget i stället beräknas till 0,5 procent av kapitalunderlaget (3 d § första stycket AvPL).
Skatteunderlaget avrundas nedåt till ett helt hundratal kronor (3 d § fjärde stycket AvPL).
I vissa situationer ska skattesatsen jämkas. Det är dock inte möjligt att faktiskt jämka skattesatsen, utan i stället jämkas skatteunderlaget. Avkastningsskatten beräknas därefter med 15 procent.