Godkända företag ska även beakta vissa särskilda regler om bland annat koncernbidrag och tidigare års underskott.
Tonnagebeskattning innebär att inkomsten från kvalificerad rederiverksamhet beräknas schablonmässigt utan möjlighet till avdrag. Vissa poster ska dock, enligt särskilda regler i 39 b kap. IL, hänföras till annan näringsverksamhet. De ska alltså beskattas konventionellt och ingår inte som en del av tonnageinkomsten. Detta gäller även om företaget inte bedriver s.k. blandad verksamhet.
I en koncern finns det möjlighet att jämna ut resultatet mellan koncernföretagen med koncernbidrag.
För företag som är godkända för tonnagebeskattning men också bedriver annan verksamhet, kommer två parallella beskattningsmetoder att vara tillämpliga samtidigt. Det finns därmed risk att företagen kommer att försöka utnyttja fördelarna i respektive system genom att maximera vinsten i verksamhet som tonnagebeskattas och minimera resultatet i verksamhet som beskattas konventionellt. För att förhindra att vinster förs över från konventionellt beskattad verksamhet till verksamhet som tonnagebeskattas ska koncernbidrag alltid hänföras till annan verksamhet (39 b kap. 14 § IL).
Innebörden av bestämmelsen är att mottagna koncernbidrag alltid ska hänföras till annan näringsverksamhet än kvalificerad rederiverksamhet. Det innebär att om ett företag som bedriver kvalificerad rederiverksamhet tar emot ett koncernbidrag så ska detta beskattas konventionellt. Företaget kommer då att ha inkomster från både kvalificerad rederiverksamhet och annan näringsverksamhet.
Tidigare års underskott ska i sin helhet hänföras till annan näringsverksamhet (39 b kap. 15 § IL).
Att underskott inte får dras av inom ramarna för tonnagebeskattningssystemet innebär inte att det försvinner vid en övergång till systemet utan det rullas vid sidan av den tonnagebeskattade verksamheten och kan utnyttjas mot inkomster som ska hänföras till annan näringsverksamhet, t.ex. mottagna koncernbidrag och återföring av periodiseringsfond. Med andra ord kommer underskott att hanteras enligt vanliga regler, men inte kunna utnyttjas mot tonnageinkomsten.
Om ett godkännande för tonnagebeskattning återkallas på initiativ av Skatteverket finns en särskild regel om begränsad avdragsrätt vid tonnagebeskattning som innebär att underskott som uppkommit i den kvalificerade rederiverksamheten inte får dras av (40 kap. 21 a § IL).
Tidigare års avdrag för avsättningar till periodiseringsfonder, ersättningsfonder respektive expansionsfonder ska hänföras till verksamhet som beskattas konventionellt (39 b kap. 16 § IL).
Det innebär bl.a. att om ett företag som bedriver kvalificerad rederiverksamhet har tidigare gjorda avsättningar till en periodiseringsfond att återföra till beskattning, ska detta göras i annan näringsverksamhet (konventionellt beskattad). Företaget kommer då att ha inkomster från både kvalificerad rederiverksamhet och annan näringsverksamhet.
Överkapitalisering innebär att ett företag har en större andel eget kapital än främmande kapital. För att motverka att företag som är godkända för tonnagebeskattning överkapitaliseras har särskilda regler införts.
Det finns risk att en koncern väljer att styra finansieringen med lånat kapital till de verksamheter som beskattas konventionellt och finansieringen med eget kapital till verksamhet som tonnagebeskattas, eftersom ränteutgifter som utgångspunkt är avdragsgilla i den konventionellt beskattade verksamheten men inte i den tonnagebeskattade verksamheten. Det skulle i så fall bl.a. medföra att beskattningsunderlaget minskar (prop. 2015/16:127 s. 74).
För att förhindra att verksamhet som tonnagebeskattas i alltför stor omfattning finansieras med eget kapital ska en schablonintäkt tas upp om det främmande kapitalet någon gång under beskattningsåret understiger hälften av det egna kapitalet. Intäkten ska hänföras till annan näringsverksamhet d.v.s. näringsverksamhet som beskattas konventionellt (39 b kap. 27 § första stycket IL).
Intäkten ska beräknas genom att den största skillnaden under beskattningsåret mellan hälften av det egna kapitalet och hela det främmande kapitalet, multipliceras med statslåneräntan. Den statslåneränta som ska användas är den som var gällande vid utgången av november året före beskattningsåret, ökad med en procentenhet (39 b kap. 27 § andra stycket IL).
Med främmande kapital avses företagets externa finansiering, d.v.s. skulder inklusive latenta skatteskulder. Här ingår lån och krediter, t.ex. leverantörskrediter, men också den latenta skatteskuld som hänför sig till exempelvis överavskrivningsfond (prop. 2015/16:127 s. 127).
I förarbetena nämns att kvalificerad rederiverksamhet kan generera intäkter som är föremål för utländsk skatt. Det är inte möjligt att få avräkning för sådan skatt enligt avräkningslagen. Däremot kan det vara möjligt att få avräkning för utländsk skatt enligt ett skatteavtal (prop. 2015/16:127 s. 65–66).