Ägarna till andelarna i det överlåtande företaget beskattas enligt andra regler än de företag som ingår i fusionen eller fissionen.
Enligt bestämmelserna om kapitalvinster och kapitalförluster anses andelarna i ett företag avyttrade om företaget upplöses genom fusion eller fission och andelarna därigenom definitivt förlorar sitt värde (44 kap. 8 § första stycket 3 IL och 25 kap. 2 § IL). Detta gäller oavsett om fusionen eller fissionen är kvalificerad eller inte enligt 37 kap. IL. Bestämmelsen i 44 kap. 8 § första stycket 3 IL gäller såväl när andelen ägs av en fysisk som när den ägs av en juridisk person. Läs mer om vad som utlöser kapitalvinstbeskattning vid fusion och fission.
Utgångspunkten är att vid en fusion eller fission anses andelarna i det överlåtande företaget avyttrade enligt 44 kap. 8 § första stycket 3 IL. Det finns dock ett undantag och det gäller när det övertagande företaget äger andelar i det överlåtande företaget och det är en kvalificerad fusion eller fission. Om andelarna är kapitaltillgångar anses de inte avyttrade (37 kap. 29 § första stycket IL och 44 kap. 8 § tredje stycket IL). Den kvalificerade fusionen eller fissionen kommer därför inte att medföra någon beskattning av andelarna hos det övertagande företaget (prop. 1998/99:15 s. 227 och s. 300).
Om det övertagande företaget äger andelar i det överlåtande företaget och dessa är lagertillgångar, ska däremot andelarna anses ha avyttrats vid fusionen eller fissionen. Andelarna anses avyttrade mot en ersättning som motsvarar andelarnas skattemässiga värde (37 kap. 29 § andra stycket IL). Någon faktisk beskattning av de avyttrade andelarna uppkommer därför inte för det övertagande företaget (prop. 1998/99:15 s. 228 och s. 296).
Om andelarna i det överlåtande företaget anses avyttrade med anledning av fusionen eller fissionen och det är en juridisk person som äger andelen, ska kapitalvinsten eller kapitalförlusten redovisas i inkomstslaget näringsverksamhet (13 kap. 2 § IL och 25 kap. 3 § IL). För kapitalvinster och kapitalförluster i näringsverksamhet gäller de grundläggande kapitalvinstreglerna i 44 kap. IL (25 kap. 2 § IL). För fysiska personer som äger andelar i ett överlåtande företag redovisas kapitalvinsten eller kapitalförlusten normalt sett i inkomstslaget kapital.
Den som äger andelar i det överlåtande företaget anses ha avyttrat andelarna mot en köpeskilling som motsvarar fusions- eller fissionsvederlaget. Fusions- och fissionsvederlaget består av andelar i det övertagandet företaget och i vissa fall, även kontanter. Fusions- och fissionsvederlaget ska tas upp i en kapitalvinstberäkning. Läs mer om vad som utlöser kapitalvinstbeskattning vid fusion och fission samt den allmänna principen för beräkning av kapitalvinster och kapitalförluster.
För juridiska personer kan de avyttrade andelarna i det överlåtande företaget i fusionen eller fissionen vara näringsbetingade andelar. I 25 a kap. IL finns regler om skattefria kapitalvinster på näringsbetingade andelar. Någon kapitalvinst ska i regel inte tas upp till beskattning om den avyttrade andelen är en onoterad näringsbetingad andel. Om den avyttrade näringsbetingade andelen är marknadsnoterad och det så kallade innehavstidsvillkoret är uppfyllt, ska någon kapitalvinst i regel inte heller tas upp till beskattning. Man har bara avdragsrätt för en kapitalförlust på näringsbetingade andelar om en motsvarande kapitalvinst skulle ha beskattats. Reglerna om skattefria kapitalvinster och ej avdragsgilla kapitalförluster på näringsbetingade andelar i 25 a kap. IL gäller oavsett om andelarna avyttras till en extern part eller inom en intressegemenskap.
Kapitalförluster på näringsbetingade andelar som uppkommit vid avyttring mellan juridiska personer där företagen är i intressegemenskap är aldrig avdragsgilla (25 kap. 8 § 1 IL). Detta avdragsförbud har införts för att man inte ska kunna få uppskjuten avdragsrätt enligt 25 kap. 7 § IL vid avyttring mellan företag inom en intressegemenskap. Man kan därför aldrig få avdrag för kapitalförluster på näringsbetingade andelar när andelarna anses avyttrade till följd av en fusion eller fission inom en intressegemenskap.
Om det finns en uppskjuten avdragsrätt hänförlig till en kapitalförlust på en tidigare avyttrad andel i ett företag och detta företag, genom en fusion eller fission, går upp i ett annat företag inom intressegemenskapen så får kapitalförlusten inte dras av (25 kap. 9 § IL). Bestämmelsen gäller oavsett om fusionen eller fissionen är kvalificerad eller inte.
Läs mer om avyttring med kapitalförlust inom en intressegemenskap.
En fusion eller fission behöver inte nödvändigtvis utlösa en omedelbar kapitalvinstbeskattning hos den som äger andelar i det överlåtande företaget. Om fusions- eller fissionsvederlaget, helt eller i vissa fall delvis, består av andelar i det övertagande företaget kan andelsägare i vissa fall skjuta fram beskattningen eller få uppskov med beskattningen:
Om villkoren för framskjuten beskattning för fysiska personer i 48 a kap. IL är uppfyllda ska bestämmelserna tillämpas. Reglerna om uppskovsgrundande andelsbyten i 49 kap. IL tillämpas bara om säljaren begär det.
För att omfattas av reglerna om framskjuten beskattning och uppskovsgrundande andelsbyten måste vissa förutsättningar vara uppfyllda, bl.a. att säljaren avyttrar en andel i ett företag till ett köpande företag (48 a kap. 2 § 1 IL och 49 kap. 2 § 1 IL). För att reglerna ska kunna tillämpas vid fusioner och fissioner är det därför reglerat att vid tillämpningen av 48 a kap. IL och 49 kap. IL anses det övertagande företaget köpa andelar i det överlåtande företaget som inte redan ägs av det övertagande företaget (48 a kap. 4 § IL och 49 kap. 4 § IL). Det övertagande företaget jämställs därför med det köpande företaget i dessa reglers mening.
Förutsättningarna för att få tillämpa reglerna om framskjuten beskattning eller uppskovsgrundande andelsbyten kan vara uppfyllda även vid en omvänd fusion om ägarna till det överlåtande företaget (moderbolaget) får aktier i det övertagande företaget (dotterbolaget) som fusionsvederlag. Vederlaget anses motsvara marknadsvärdet på aktierna i det övertagande företaget (RÅ 2009 ref. 5).
För andelsägare som är begränsat skattskyldiga i Sverige gäller att ett fusions- och fissionsvederlag i form av ett annat vederlag än aktier i det övertagande företaget jämställs med utdelning enligt bestämmelserna i kupongskattelagen (1 § och 2 § andra stycket KupL). Det innebär att för begränsat skattskyldiga fysiska personer och utländska juridiska personer kan kupongskatt komma att tas ut på vederlaget vid en fusion eller fission. Det finns dock ett antal undantag från när kupongskatt ska tas ut, läs mer om detta på sidan Kupongskatt.