För beslut som meddelas sent och för beslut om skattetillägg och återkallelseavgift gäller i vissa fall en förlängd tid för överklagande.
Huvudregeln är att ett överklagande ska ha kommit in till Skatteverket senast det sjätte året efter utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut. Det händer att beslut meddelas efter denna period p.g.a. möjligheterna till omprövning i 66 kap. SFL. Det händer även att beslut meddelas sent under omprövningsperioden, men innan sexårsfristen gått till ända. Även dessa beslut måste kunna överklagas, utan att tidsfristen blir orimligt kort. Om Skatteverket har meddelat ett beslut efter den 30 juni det sjätte året efter utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut, och den som beslutet gäller har fått del av det efter utgången av oktober månad samma år, så får ett överklagande komma in inom två månader från den dag då den som beslutet gäller fick del av det (67 kap. 13 § SFL).
Bestämmelsen i 67 kap. 13 § SFL förutsätter att det finns en möjlighet att kontrollera när en enskild har fått del av beslutet. Ett beslut som Skatteverket har meddelat enligt denna bestämmelse ska därför delges den som beslutet gäller, om en av följande punkter är uppfyllda (17 kap. 5 § SFF):
Även tiden för att begära omprövning är förlängd för beslut som Skatteverket meddelar sent, se 66 kap. 8 § SFL.
Om den enskilda missat att överklaga ett beslut om skattetillägg och överklagandefristen redan löpt ut kan hen överklaga beslutet om skattetillägg, så länge beslutet i den fråga som har föranlett skattetillägget inte har fått laga kraft (67 kap. 14 § SFL).
Bakgrunden till den bestämmelsen är att det för många personer kan vara svårt att se beslutet i skattefrågan och beslutet om särskild avgift som skilda avgöranden, vilket kan leda till rättsförluster (prop. 1977/78:136 s. 168). Bestämmelsen gör det möjligt för en enskild som överklagat ett beslut i sak, men glömt överklaga ett beslut om skattetillägg, att överklaga det senare beslutet även efter att den ordinarie sexårsfristen för överklagande har löpt ut.
Om den enskilda missat att överklaga ett beslut om skattetillägg och överklagandefristen redan löpt ut kan hen också välja att begära omprövning av beslutet om skattetillägg med stöd av 66 kap. 9 § SFL eller föra in frågan om skattetillägg i målet om huvudfrågan med stöd av 67 kap. 33 § SFL.
I det sistnämnda fallet kan domstolen emellertid vägra att pröva frågan om skattetillägg om domstolen anser att det skulle medföra en olägenhet att frågan prövas i målet. Skattetilläggsfrågan kan i den sistnämnda situationen föras in i målet oavsett i vilken instans detta är föremål för prövning. En grundförutsättning för prövning av skattetillägget är att detta direkt har föranletts av den skattefråga som är föremål för domstolsprövningen. Det gäller oavsett vilken av de tre möjligheterna den enskilda väljer – överklagande, omprövning eller att föra in skattetilläggsfrågan i huvudmålet.
Ett beslut om återkallelseavgift får överklagas så länge beslutet om återkallelse av godkännande för tonnagebeskattning enligt 13 a kap. 10 § första stycket 2–4 SFL, eller de beslut om beskattning som föranleds av detta beslut, inte har fått laga kraft (67 kap. 14 a § SFL).
En återkallelseavgift ska beräknas med utgångspunkt i den skatt som efter återkallelse av godkännande för tonnagebeskattning kommer att bestämmas för ett tidigare beskattningsår. Det är därför viktigt att det finns en rätt att få återkallelseavgiften omprövad eller kunna överklaga beslutet, för det fall skatten kommer att ändras genom ett senare beslut (prop. 2015/16:127 s. 111).
Om den enskilda missat att överklaga ett beslut om återkallelseavgift och överklagandefristen redan löpt ut kan hen också välja att begära omprövning av beslutet om återkallelseavgift med stöd av 66 kap. 9 a § SFL eller föra in frågan om återkallelseavgift i målet om huvudfrågan med stöd av 67 kap. 33 § andra stycket SFL.
I det sistnämnda fallet kan domstolen emellertid vägra att pröva frågan om återkallelseavgift om domstolen anser att det skulle medföra en olägenhet att frågan prövas i målet. Frågan om återkallelseavgift kan i den sistnämnda situationen föras in i målet oavsett i vilken instans detta är föremål för prövning. En grundförutsättning för en prövning av återkallelseavgiften är att denna direkt har föranletts av den skattefråga som är föremål för domstolsprövningen. Det gäller oavsett vilken av de tre möjligheterna den enskilda väljer – överklagande, omprövning eller att föra in frågan om återkallelseavgift i huvudmålet.