Informationsutbyte med annat land får inte utföras av alla skattehandläggare utan ska ske genom så kallad behörig myndighet. Med detta begrepp avses här den myndighet och organisatoriska enhet hos denna som är behörig att utbyta information direkt med annat land. I EU:s rättsakter om informationsutbyte används andra begrepp för denna funktion. Vilken organisatorisk enhet hos Skatteverket som är behörig att utbyta information i ett visst ärende beror på vilken rättsakt som är tillämplig.
Den sekretess som gäller för uppgifter hos Skatteverket enligt offentlighets- och sekretesslagen gäller även i förhållande till utländsk myndighet. Den kan endast brytas om det finns en bestämmelse som tillåter det (8 kap. 3 § nämnda lag). När det gäller utbyte av uppgifter med utländsk myndighet krävs dessutom att utbytet sker genom den myndighet och organisatoriska enhet hos denna som är behörig därtill. En handläggare som utan behörighet lämnar en sekretessbelagd uppgift direkt till en utländsk skattemyndighet riskerar att göra sig skyldig till brottet brott mot tystnadsplikt. Vidare kan informationen bli obrukbar för skattemyndigheten i det mottagande landet beroende på lagstiftningen där.
Både i Sverige och i andra länder är det endast en viss myndighet och eventuellt endast en viss organisatorisk enhet hos denna som är behörig att utbyta information direkt med utländsk myndighet med stöd av en viss rättsakt. Denna myndighet eller organisatoriska enhet brukar betecknas behörig myndighet. Det är alltså endast personal som tillhör den behöriga myndigheten som är behörig att utbyta information direkt med utländsk myndighet. Enligt vissa rättsakter får den behöriga myndigheten utse även andra personer till så kallade behöriga tjänstemän.
Att Skatteverket är behörig myndighet vid tillämpningen av EU-förordningen nr 904/2010 om administrativt samarbete i fråga om mervärdesskatt framgår av Europeiska unionens officiella tidning 2017/C 155/03 och 1 § förordningen (2011:1553) om tillämpning av EU-förordning och avtal om administrativt samarbete och bedrägeribekämpning på mervärdesskatteområdet.
Att Skatteverket är behörig myndighet vid tillämpningen av EU-förordningen nr 389/2012 om administrativt samarbete i fråga om punktskatter framgår av Europeiska unionens officiella tidning 2016/C 484/12 och 1 § förordningen (2012:331) om tillämpning av rådets förordning (EU) nr 389/2012 av den 2 maj 2012 om administrativt samarbete i fråga om punktskatter och om upphävande av förordning (EG) nr 2073/2004.
Att Skatteverket är behörig myndighet vid tillämpningen av EU-direktivet om handräckning i skatteärenden (nr 2011/16/EU) och lagen (2012:843) om administrativt samarbete inom Europeiska unionen i fråga om beskattning framgår av Europeiska unionens officiella tidning 2013/C 382/05 och 4 § nämnda lag.
Skatteverket är också behörig myndighet vid tillämpningen av avtalet mellan Europeiska unionen och Konungariket Norge om administrativt samarbete, bedrägeribekämpning och indrivning av fordringar på mervärdesskatteområdet, i de delar som avser administrativt samarbete och bedrägeribekämpning (1 § förordningen [2011:1553] om tillämpning av EU-förordning och avtal om administrativt samarbete och bedrägeribekämpning på mervärdesskatteområdet).
Vid tillämpningen av övriga rättsakter om informationsutbyte, både multilaterala och bilaterala, följer det av 3, 4 och 14 §§ lagen (1990:314) om ömsesidig handräckning i skatteärenden att Skattverket är behörig myndighet, utom när det grundläggande ärendet gäller indrivning. Skattverkets behörighet att ingå kompletterande överenskommelser enligt sådana rättsakter är särskilt reglerad i 16 § förordningen (1990:320) om ömsesidig handräckning i skatteärenden.
Enligt Skatteverkets arbetsordning utövas funktionen behörig myndighet vid informationsutbyte av storföretagsavdelningen. När storföretagsavdelningen är behörig myndighet fördelas det operativa arbetet, det vill säga hanteringen av ärenden om informationsutbyte i enskilda fall, mellan avdelningens punktskatteenhet samt avdelningens enhet för internationell samverkan (EIS). På EIS är arbetet i sin tur fördelat mellan sektionerna behörig myndighet 1 och behörig myndighet 2.
Enligt EU-förordningarna om administrativt samarbete i fråga om mervärdesskatt (nr 904/2010) respektive punktskatter (nr 389/2012) och EU-direktivet om handräckning i skatteärenden (nr 2011/16/EU) ska varje medlemsstat utse ett centralt kontaktkontor som ska ha huvudansvaret för kontakterna med andra medlemsstater i fråga om administrativt samarbete (artikel 4.1 i förordningarna, artikel 4.2 i direktivet, 3 § förordningen [2012:848] om administrativt samarbete inom Europeiska unionen i fråga om beskattning).
Som framgått i föregående avsnitt är Skatteverket behörig myndighet vid tillämpningen av både EU-förordningarna och direktivet. Som behörig myndighet har Skatteverket i sin arbetsordning utsett storföretagsavdelningen till centralt kontaktkontor.
Den behöriga myndigheten får även utse kontaktorgan för det operativa arbetet med informationsutbyte, det vill säga hanteringen av ärenden om informationsutbyte i enskilda fall (artikel 4.2 i förordningarna, artikel 4.3 i direktivet, 4 § förordningen [2012:848] om administrativt samarbete inom Europeiska unionen i fråga om beskattning). Enligt Skatteverkets arbetsordning utövas funktionen som kontaktorgan av storföretagsavdelningens punktskatteenhet och avdelningens enhet för internationell samverkan (EIS). På EIS är arbetet i sin tur fördelat mellan sektionerna behörig myndighet 1 och behörig myndighet 2.
Den behöriga myndigheten får även utse behöriga tjänstemän genom personligt förordnande (artikel 4.3 i förordning nr 904/2010, artikel 5.1 i förordning nr 389/2012, artikel 4.4 i direktivet, 4 § förordningen [2012:848] om administrativt samarbete inom Europeiska unionen i fråga om beskattning). Härigenom kan en person som inte tillhör det centrala kontaktkontoret eller ett kontaktorgan ges behörighet att utföra informationsutbyte, till exempel en skatterevisor i samband med en multilateral kontroll.
Vilken organisatorisk enhet och vilka personer hos Skatteverket som är behöriga att utbyta information i ett visst ärende beror alltså på vilken rättsakt som är tillämplig.