Rätt till avdrag för ingående skatt vid inköp ska normalt styrkas med en faktura. I andra situationer kan det krävas annat underlag.
Rätt till avdrag för ingående skatt finns bara om den kan styrkas (13 kap. 31-36 §§ ML). Bestämmelserna motsvaras av artikel 178 i mervärdesskattedirektivet. Rätt till avdrag för ingående skatt förutsätter att det rör sig om just ingående skatt.
Rätten till avdrag vid förvärv ska normalt styrkas genom faktura (13 kap. 32 § ML). Med faktura avses dokument eller meddelande i pappersform eller i elektronisk form som uppfyller villkoren för fakturor i 17 kap. ML eller, om faktureringsreglerna i ett annat EU-land gäller enligt artikel 219a i mervärdesskattedirektivet, som uppfyller villkoren för fakturor i det landet (2 kap. 9 § ML).
Den som begär avdrag för ingående skatt kan därför sägas ha ett med säljaren delat ansvar för att faktureringsskyldigheten fullgörs.
Det finns krav på vad som utgör en faktura enligt ML. Det finns även regler kring hur en bristfällig faktura kan kompletteras eller korrigeras.
Ett företags underlag för avdragsrätt för ingående skatt utgörs av de fakturor som företaget är skyldigt att bevara.
Om det finns särskilda skäl behövs ingen faktura, om köparen är betalningsskyldig för inköpet och kan styrka avdraget genom annan tillgänglig dokumentation, t.ex. ett avtal (13 kap. 33 och 34 §§ ML).
Ett sådant tillfälle kan vara då köparen är en beskattningsbar person vid betalning i förskott eller a conto för bygg- eller anläggningstjänst (16 kap. 12 § och 7 kap. 7 § ML). Förskottsbetalningen baseras inte på en faktura utan på annan dokumentation, t.ex. ett avtal med en betalningsplan. Köparen redovisar den utgående och ingående skatten, trots att faktura inte har utfärdats (7 kap. 24 § och 7 kap. 37 § ML).
Särskilda skäl kan även finnas vid gränsöverskridande fakturering när köparen är betalningsskyldig t.ex. på grund av ett unionsinternt förvärv. En faktura som skickas från en annan medlemsstat kan, genom att ha utfärdats enligt det landets regler, i vissa fall komma i konflikt med de svenska bestämmelserna om fakturans innehåll. I sådana fall bör fakturan ändå kunna godtas som underlag för ett avdrag hos förvärvaren om den innehåller information som kan anses tillräcklig för att styrka rätten rill avdrag eller om det finns annan tillgänglig information som tillsammans med uppgifterna i fakturan kan styrka att rätt till avdrag föreligger hos förvärvaren (se prop. 2007/08:25 s. 221 och i fråga om unionsinterna förvärv, se prop. 2011/12:94 s. 84).
En säljare har inte rätt till avdrag för ingående skatt för en utgift, som är att anse som ett utlägg som säljaren gjort för en köpares räkning. Utlägget ska överföras till köparen. Rätten till avdrag för mervärdesskatt på ett utlägg tillfaller alltså köparen och inte säljaren. Säljaren ska bifoga en fakturakopia för utlägget till säljarens egen faktura för att köparen ska kunna verifiera sitt avdrag för ingående skatt på utlägget. På säljarens faktura till köparen ska säljaren inte ange någon mervärdesskatt till den del fakturan avser utlägget eftersom ersättning för ett utlägg inte är en leverans av varor mot ersättning eller ett tillhandahållande av tjänster mot ersättning enligt ML. Om säljaren anger mervärdesskatt på ett utlägg som överförs till köparen genom säljarens faktura kan den anses som felaktigt debiterad skatt.
Det förekommer att arbetsgivare betalar ut kostnadsersättningar till anställda som haft kostnader för att fullgöra sina arbetsuppgifter. Även om det i den anställdes kostnader skulle ingå betald mervärdesskatt har inte arbetsgivaren rätt till avdrag för ingående skatt med anledning av utbetald kostnadsersättning. Detta eftersom den anställde inte är en besakttningsbar person och alltså inte ska ta ut någon mervärdesskatt i sitt krav till arbetsgivaren.
För att det ska vara fråga om ett utlägg ska i normalfallet någon annan vara betalningsansvarig gentemot tredje man än den som betalat fakturan. Enligt Skatteverkets uppfattning kan det dock i vissa situationer godtas att en anställd gör ett utlägg för arbetsgivarens räkning även om den anställde har betalningsansvaret.
Det gäller om det kan anses naturligt att arbetsgivaren står för inköpet. Då kan den ersättning som den anställde får från arbetsgivaren anses vara en ersättning för ett utlägg för arbetsgivarens räkning i stället för en kostnadsersättning. Exempel på inköp som det kan anses naturligt att den anställde gör i eget namn är inköp som avser facklitteratur, kost, logi och representation eller drivmedel till en personbil som används i tjänsten.
Arbetsgivaren kan då i egenskap av beskattningsbar person i sådana fall ha rätt till avdrag för den ingående skatten hänförlig till inköpen. Arbetsgivaren måste dock alltid kunna visa att det är fråga om en anställds utlägg för arbetsgivarens räkning. Det krävs att den anställde i nära anslutning till utlägget återfår utlägget mot uppvisande av faktura, kvitto eller liknande handling. Kvittot eller handlingen måste uppfylla kraven i 17 kap. ML med undantag för att den anställdes namn kan stå på underlaget i stället för arbetsgivarens namn. Se vidare om rätt till avdrag för ingående skatt vid inköp av drivmedel när en anställd använder egen bil i tjänsten och om underlaget för möjlighet till avdrag i ett sådant fall.
Även så kallade egenanställda kan i vissa fall anses göra utlägg för egenanställningsföretagets räkning. Rätt till avdrag kan i sådana fall finnas för egenanställningsföretaget om kvittot eller handlingen uppfyller kraven i 17 kap ML. Detta med undantag för att den anställdes namn kan stå på underlaget i stället för arbetsgivarens namn.
Även vid inköp genom auktion gäller att rätten till avdrag för ingående skatt ska styrkas med faktura. Ofta är det begagnade varor, konstverk, samlarföremål eller antikviteter som säljs vid auktioner. För dessa varor kan de särskilda bestämmelserna om vinstmarginalbeskattning (VMB) i 20 kap. ML ofta gälla, se Vinstmarginalbeskattning – begagnade varor. Då dessa bestämmelser tillämpas av inlämnaren, i de fall auktionsförrättaren bara uppträder som förmedlare, eller av auktionsförrättaren i de fall denne förmedlar i eget namn, får något mervärdesskattebelopp inte anges i fakturan och köparen har därför inte någon möjlighet till avdrag. När allmänna bestämmelser tillämpas i stället för VMB ska avdrag för ingående skatt styrkas med en faktura som uppfyller de krav som anges i 17 kap. ML. Om auktionsförrättaren tar ut särskild provision av säljaren eller köparen ska också rätten till avdrag för den ingående skatten på sådan provision styrkas på motsvarande sätt. Se vidare Fakturering i samband med auktionsförsäljning och Innehållet i en faktura.
Skatteverket anser att ett av Kronofogdemyndigheten upprättat protokoll tillsammans med eventuella särskilda kvittenser i enlighet med ML:s faktureringskrav kan användas som underlag för en köpares möjlighet till avdrag för ingående skatt i samband med exekutiv försäljning.
I vissa fall ska rätten till avdrag styrkas med en annan handling än faktura.
Vid köp av en fastighet eller en lägenhet som ägs med hyresrätt eller bostadsrätt från någon som uttagsbeskattats i byggnadsrörelse och köparen har rätt till avdrag enligt 13 kap. 8 § punkt 4 ML, ska den ingående skatten styrkas med en av överlåtaren utfärdad handling (13 kap. 36 § ML). Överlåtaren ska utfärda en sådan handling om köparen begär det. Detsamma gäller vid inköp av en fastighet där köparen har rätt till avdrag för ingående skatt på överlåtarens kostnader enligt bestämmelserna om s.k. retroaktivt avdrag i 12 kap. 22 § ML.
Den som enligt bestämmelserna i 15 kap. 20-27 ML övertar överlåtarens rättighet och skyldighet när det gäller justering av avdrag för ingående skatt ska enligt 15 kap. 31 § ML som grund för justeringen i sina räkenskaper ha en sådan av överlåtaren utfärdad handling som avses i 15 kap. 28 § ML. Överlåtaren är i dessa fall skyldig att utfärda en sådan handling.
Importdokument ska godtas som underlag för avdrag avseende ingående skatt oavsett om dokumentet är i elektronisk form eller i pappersform. Elektroniskt dokument ska dock bara godtas om den importerande medlemsstaten har infört ett elektroniskt system för fullgörande av tullformaliteterna och om det elektroniska dokumentet kan kontrolleras (artikel 52 i rådets genomförandeförordning [EU] nr 282/2011).