Skalbolagsreglerna som gäller för fysiska respektive juridiska personer kan inte tillämpas samtidigt på en och samma transaktion. Däremot kan de tillämpas parallellt om ett skalbolag som ägs av båda kategorierna avyttras.
Skalbolagsreglerna för juridiska personer i 25 a kap. IL respektive för fysiska personer i 49 a kap. IL kan aldrig tillämpas samtidigt. Vid en avyttring av ett företag som exempelvis inkluderar ett dotterföretag är det bara försäljningen av det direkt ägda företaget som kan vara en skalbolagstransaktion. I ett sådant fall ska en skalbolagsdeklaration för moderföretaget lämnas in, och den ska inkludera en deklaration för dotterföretaget.
Även om skalbolagsreglerna för juridiska personer och fysiska personer aldrig kan tillämpas samtidigt kan samma tillgångar räknas med vid två skilda och efter varandra gjorda beräkningar, exempelvis om moderföretaget senare avyttrar dotterföretaget.
Den fysiska personen F säljer sitt innehav i AB A för 4 000. AB A äger även AB B. De likvida tillgångarna i AB A uppgår till 1 500 och i AB B till 2 000. Efter en tid säljer AB A AB B för 3 000. De likvida tillgångarna i AB B är nu 1 900. Är det fråga om skalbolagstransaktioner?
När F säljer sitt innehav i AB A överstiger de sammanlagda likvida tillgångarna i koncernen (3 500) jämförelsebeloppet (50 % x 4 000). Därför är denna transaktion en skalbolagsaffär. Även när AB A säljer AB B överstiger de likvida tillgångarna (1 900) jämförelsebeloppet (50 % x 3 000). Alltså är även denna transaktion en skalbolagsaffär.
Om ett skalbolag ägs av både en fysisk person och ett aktiebolag, och de båda samtidigt säljer sina andelar i skalbolaget, tillämpas regelsystemen för juridiska personer i 25 a kap. IL respektive för fysiska personer i 49 a kap. IL parallellt. I ett sådant fall behöver bara en skalbolagsdeklaration lämnas för de båda försäljningarna.