Om ett företag som är godkänt vill upphöra med tonnagebeskattningen, ska det begära återkallelse av godkännandet hos Skatteverket. Under vissa förutsättningar ankommer det också på Skatteverket att ta initiativ till återkallelse. Oavsett vem som initierar en återkallelse kommer återkallelsen att innebära en spärrtid innan företaget kan ansöka om godkännande på nytt.
Om det godkända företaget begär det ska Skatteverket återkalla ett godkännande för tonnagebeskattning (13 a kap. 10 § första stycket 1 SFL).
Begäran om återkallelse ska ha kommit in till Skatteverket senast fyra år före ingången av det sista beskattningsår då tonnagebeskattning ska ske (13 a kap. 12 § SFL). Det innebär att en begäran ska göras senast fem hela år innan tonnagebeskattningen ska upphöra.
En återkallelse gäller tidigast från och med det tionde beskattningsåret efter det första beskattningsår då tonnagebeskattning ska ske (13 a kap. 14 § SFL). Det innebär att företaget normalt är bundet av tonnagebeskattningssystemet under minst tio år.
Om flera företag i en koncern har godkänts för tonnagebeskattning, gäller en återkallelse på begäran av ett godkänt företag tidigast från och med det tionde beskattningsåret efter det första beskattningsår då tonnagebeskattning ska ske för det företag i koncernen som senast godkändes för tonnagebeskattning (13 a kap. 15 § SFL).
Att tidpunkten styrs av det företag i koncernen som senast godkändes för tonnagebeskattning innebär bl.a. att tiden för återkallelse vid en ägarförändring eller en verksamhetsförändring kommer att skjutas framåt i tiden om det i koncernen har tillkommit företag som godkändes för tonnagebeskattning senare än koncernens övriga tonnagebeskattade företag. Det är alltså det företag som senast godkändes för tonnagebeskattning som kommer att bestämma från när en återkallelse av godkännandet tidigast kan gälla för alla företag i koncernen (prop. 2015/16:127 s. 133).
Om ett överlåtande företag i en fusion eller fission har godkänts för tonnagebeskattning senare än det övertagande företaget gäller återkallelsen tidigast från och med det tionde beskattningsåret efter det överlåtande företagets första beskattningsår med tonnagebeskattning (13 a kap. 16 § SFL).
Den kvalificerade rederiverksamheten kan i vissa fall upphöra utan att det godkända företaget begär att godkännandet för tonnagebeskattning ska återkallas. Det gäller bl.a. när kvalificerad rederiverksamhet avvecklas utan att verksamheten bedrivs vidare av någon annan. I en sådan situation ska återkallelse av godkännandet för tonnagebeskattning anses ha begärts under det beskattningsår då verksamheten har avvecklats (13 a kap. 13 § SFL) (prop. 2015/16:127 s. 87). Eftersom den skattskyldiga anses ha begärt återkallelse ska Skatteverkets beslut avse återkallelse på eget initiativ (jfr 13 a kap. 10 § andra stycket 1 SFL). Innebörden blir att godkännandet återkallas först efter en tidsperiod om fem hela år enligt 13 a kap. 12 § SFL och att en spärrtid om tio beskattningsår därefter kommer att löpa enligt 13 a kap. 18 § SFL (prop. 2015/16:127 s. 133).
I vissa fall är det Skatteverket som ska initiera en återkallelse av ett godkännande för tonnagebeskattning (13 a kap. 10 § första stycket 2–4 SFL).
Det finns skäl för Skatteverket att återkalla ett godkännande om
Skatteverket ska återkalla ett godkännande för tonnagebeskattning om förutsättningarna för godkännande för tonnagebeskattning enligt 13 a kap. 2 och 3 §§ SFL inte längre är uppfyllda.
Återkallelse ska också ske om det godkända företaget inte har fullgjort en uppgiftsskyldighet enligt 29–33 kap. SFL eller en dokumentationsskyldighet enligt 39 kap. 3 § SFL och detta är av betydelse för godkännandet eller för tonnagebeskattningen.
Återkallelse ska också ske om det godkända företaget har meddelats en dom som har fått laga kraft och där lagen (1995:575) mot skatteflykt har tillämpats och detta är av betydelse för tonnagebeskattningen.
Den rättshandling som ligger till grund för tillämpningen av lagen mot skatteflykt behöver inte ha vidtagits inom ramen för den kvalificerade rederiverksamheten. Även rättshandlingar vidtagna inom annan verksamhet kan vara av sådan betydelse för den kvalificerade rederiverksamheten att återkallelse av godkännande kan bli aktuellt.
Exempelvis skulle det kunna bli aktuellt med återkallelse om lagen (1995:575) mot skatteflykt har tillämpats på rättshandlingar som innebär att ett företag som både bedriver kvalificerad rederiverksamhet och annan näringsverksamhet har utnyttjat skillnaderna i de båda beskattningssystemen för att uppnå en skatteförmån (prop. 2015/16:127 s. 131–132).
I vissa fall är förutsättningarna för godkännande för tonnagebeskattning inte uppfyllda men godkännandet ska enligt 13 a kap. 10 § andra stycket 1–5 SFL ändå inte återkallas på initiativ av Skatteverket. Detta gäller i följande fall:
Om det finns grund för återkallelse av godkännandet för tonnagebeskattning är utgångspunkten att återkallelse ska ske. Det kan förekomma situationer eller omständigheter som gör att en återkallelse av godkännandet i det enskilda fallet kan framstå som oskälig (prop. 2015/15:127 s. 92). Skatteverket har möjlighet att avstå från att återkalla ett godkännande om det finns särskilda skäl (13 a kap. 11 § SFL).
När förutsättningarna för godkännande för tonnagebeskattning inte längre är uppfyllda är utgångspunkten att företaget inte kan vara kvar i systemet med tonnagebeskattning. Vissa av kraven som gäller flottan är dock sådana att återkallelse bör kunna underlåtas vid en mindre tillfällig avvikelse om det finns särskilda skäl. Bestämmelsen är inte tänkt att fungera som en allmän möjlighet att vidta rättelse av brister men vid bedömningen av om det finns särskilda skäl bör det vägas in om företaget har vidtagit rättelse.
Det bör även beaktas om den uppkomna situationen beror på företagets eget agerande eller planering eller om det rör sig om omständigheter som ligger utanför företagets kontroll. I förarbetena nämns exemplet att flaggkraven inte har uppfyllts och att det beror på att ett beställt fartyg inte har levererats i tid (prop. 2015/16:127 s. 92–93).
Särskilda skäl att avstå från att återkalla ett godkännande för tonnagebeskattning kan även finnas om företaget brustit i sin uppgifts- och dokumentationsskyldighet, om bristen är ursäktlig. Om en uppgiftsskyldighet eller dokumentationsskyldighet inte har fullgjorts, men det endast har varit fråga om enklare fel och brister, kan Skatteverket avstå från att återkalla ett godkännande (prop. 2015/16:127 s. 93 och 132).
Vid återkallelse på grund av att lagen (1995:575) mot skatteflykt har tillämpats bör det inte finnas särskilda skäl för att underlåta återkallelse (prop. 2015/16:127 s. 93).
En återkallelse på initiativ av Skatteverket gäller godkännande för det beskattningsår då beslutet om återkallelse meddelades, och tidigare beskattningsår som verksamheten har tonnagebeskattats. Dock gäller en återkallelse tidigast det beskattningsår som har gått ut under det sjätte kalenderåret före det kalenderår då beslut om återkallelse meddelades (13 a kap. 17 § SFL). Det innebär att innehavaren, med de begränsningar som följer av reglerna om efterbeskattning, ska behandlas som om godkännandet aldrig hade getts (prop. 2015/16:127 s. 134). En omräkning till konventionell beskattning kan ge upphov till skattemässiga underskott av näringsverksamhet. Enligt en särskild bestämmelse om begränsad avdragsrätt får underskott som uppkommer för beskattningsår som återkallelsen omfattar inte dras av (40 kap. 21 a § IL).
Ett företag, som har kalenderår som räkenskapsår, godkänns för tonnagebeskattning år 1. År 11 beslutar Skatteverket att godkännandet ska återkallas på grund av att förutsättningarna för godkännande för tonnagebeskattning inte längre är uppfyllda. Beslutet att återkalla godkännandet gäller det beskattningsår då beslutet om återkallelse meddelas, d.v.s. år 11, och de sex tidigare beskattningsåren, år 5–10 (jfr prop. 2015/16:127 s. 93–94).
Konsekvensen av återkallelsen (se nedan) blir att företaget ska beskattas konventionellt från och med år 5.
Ett återkallat godkännande för tonnagebeskattning innebär en övergång till konventionell beskattning. En spärrtid måste löpa ut innan det är möjligt för företaget att återigen godkännas för tonnagebeskattning.
Konsekvensen av ett återkallat godkännande för tonnagebeskattning är en övergång till konventionell beskattning för den verksamhet som tidigare tonnagebeskattats. Övergången sker vid den tidpunkt då återkallelsen börjar gälla.
Vid en övergång från tonnagebeskattning till konventionell beskattning sker ett beskattningsinträde. Anskaffningsvärden och anskaffningsutgifter för tillgångar och förpliktelser som ingår i den verksamhet som tidigare tonnagebeskattats ska bestämmas enligt särskilda regler (20 a kap. 1 § 7 IL).
Den som har fått ett godkännande för tonnagebeskattning återkallat får inte godkännas för tonnagebeskattning igen förrän minst tio beskattningsår har gått från utgången av det senaste beskattningsår som tonnagebeskattning har skett (13 a kap. 18 § SFL).
Spärrtiden beräknas på samma sätt oavsett om återkallelsen sker på initiativ av det godkända företaget eller av Skatteverket.
Syftet med spärrtiden är att förhindra att företagen går in och ut ur tonnagebeskattningssystemet under kort tid för att utnyttja regelverket på ett otillbörligt sätt (jfr prop. 2015/16:127 s. 107).
I exemplet ovan fick företaget sitt godkännande återkallat år 11. Det senaste beskattningsår som tonnagebeskattning har skett kommer därmed att vara år 10. Skatteverket får inte meddela ett nytt godkännande för tonnagebeskattning under beskattningsåren 11–20 (spärrtiden). Först från och med beskattningsår 21 kan den kvalificerade rederiverksamheten tonnagebeskattas igen (jfr prop. 2015/16:127 s. 107).