Statliga myndigheter kan ha rätt till kompensation för ingående skatt.
Staten har inte rätt att göra något avdrag för ingående skatt, eftersom den ingående skatten inte är avdragsgill för staten (13 kap. 28 § ML). Avdragsrätt är ett vidare begrepp än avdragsgill. Staten kan visserligen ha utgående beskattade transaktioner som innebär att avdragsrätt kan föreligga enligt 13 kap. 6–12 §§ ML. Trots det kan inget avdrag göras eftersom transaktionen träffas av avdragsbegränsningen i 13 kap. 28 § ML (prop. 2022/23:46 s. 297). Vissa statliga myndigheter har dock rätt till kompensation för ingående skatt.
För de statliga affärsverkens ekonomiska verksamhet gäller ML:s allmänna bestämmelser kring avdrag för ingående skatt, eftersom affärsverken är egna skattesubjekt, skilda från staten.
Bestämmelserna om kompensation finns i förordning (2002:831) om myndigheters rätt till kompensation för ingående mervärdesskatt. Det är Ekonomistyrningsverket (ESV) som utfärdar föreskrifter och allmänna råd för tillämpning av förordningen. Dessa föreskrifter och allmänna råd framgår av EA-boken (Ekonomiadministrativa bestämmelser för statlig verksamhet), som finns på ESV:s webbplats (www.esv.se). Där har ESV också publicerat sin webbaserade momshandledning för statliga myndigheter.
Syftet med kompensationen är att det ska vara konkurrensneutralt för en myndighet vid valet mellan att köpa in varor och tjänster och att bedriva verksamheten i egen regi. Kompensationen medför att den ingående skatt som debiteras vid upphandling inte blir någon kostnad för den enskilda myndigheten. Därmed får en myndighets egenregiverksamhet inte den konkurrensfördel som annars skulle bli följden av att myndigheten inte har någon avdragsgill ingående skatt.
Alla statliga myndigheter har inte rätt till kompensation. De som kan ha denna rätt framgår av den förteckning som ESV löpande upprättar över de myndigheter under regeringen som ingår i den statliga redovisningsorganisationen. Förteckningen finns på ESV:s webbplats (www.esv.se/myndighetersromyndigheter.esv.se).
De statliga affärsverken finns med i förteckningen. Förordningen om myndigheters rätt till kompensation för ingående mervärdesskatt gäller emellertid inte affärsverken (1 § förordning 2002:831). Affärsverken Luftfartsverket och Sjöfartsverket har trots detta rätt till kompensation för verksamhet som utgör myndighetsutövning. Detta framgår av 19 § i förordning (2010:184) med instruktion för Luftfartsverket och av regleringsbrev för Sjöfartsverket från regeringen.
ESV ska besluta att en myndighet inte ska omfattas av förordningen, om ESV bedömer att det är viktigare att det råder konkurrensneutralitet på en marknad än att myndigheten har kompensationsrätt. Detta gäller i de fall myndigheten bedriver verksamhet i konkurrens med någon som bedriver verksamhet utan att kunna återfå ingående skatt enligt ML (2 § förordning 2002:831).
Följande villkor måste enligt 4 § förordning 2002:831, ESV:s föreskrifter till 4 § samt avsnitt 1.4 ESV:s momshandledning vara uppfyllda för att en myndighet ska ha rätt till kompensation:
En myndighet som en viss månad har bokfört ingående skatt som ger rätt till kompensation får påföljande månad rekvirera motsvarande belopp från Skatteverket (7 § förordning 2002:831). Detta gäller under förutsättning att det ackumulerade bokförda beloppet uppgår till minst 5 000 kr. Om myndigheten har rätt till kompensation för ett lägre belopp, får den avvakta med rekvisitionen tills beloppet uppgår till minst 5 000 kr. Oavsett belopp, ska en myndighet dock göra en rekvisition minst en gång per år (ESV:s föreskrifter till 7 §). Myndigheten ska använda blankett SKV 5805.
Skatteverket ska betala ut det rekvirerade beloppet inom 10 dagar från det att rekvisitionen kommit in till Skatteverket. Vid utbetalningen ska Skatteverket redovisa det rekvirerade beloppet mot inkomsttiteln Mervärdesskatt (8 och 9 §§ förordning 2002:831).
Det är Skatteverkets storföretagsavdelning i Jönköping som handlägger ärenden om myndigheters kompensation för ingående skatt.
Staten kan ha rätt till återbetalning av utländsk mervärdesskatt som en beskattningsbar person i ett annat medlemsland inom EU har debiterat. Det är ytterst den behöriga myndigheten i den återbetalande medlemsstaten som avgör om den sökande har rätt till återbetalning av mervärdesskatten i enlighet med bestämmelserna där. Återbetalningsrätten i den andra medlemsstaten bör bedömas mot bakgrund av mervärdesskattedirektivet och artikel 6 i rådets direktiv 2008/9/EG.
Skatteverket ska i normalfallet vidarebefordra en ansökan om återbetalning via den elektroniska portal som inrättats i Sverige för sådana ansökningar till det andra EU-landet om sökanden under återbetalningsperioden är en beskattningsbar person (14 kap. 58 § ML).