Vissa beslut inom mervärdesskatteområdet fattas med stöd av mervärdesskattelagen, andra med stöd av skatteförfarandelagen.
Det finns beslut som fattas enligt mervärdesskattelagen (12 kap. 1 § ML) och där skatteförfarandelagen inte träder in för att reglera beslutsförfarandet (se prop. 1996/97:100 s. 668). Det innebär t.ex. att skatteförfarandelagens särskilda bestämmelser om kommunikationsskyldighet för att inhämta yttrande över tilltänkta nackdelsbeslut inte gäller.
Utgångspunkten är att skatteförfarandelagen ska reglera uttaget och kontrollen av alla skatter och avgifter och det kopplas i förarbetena till förfarandemomenten bestämmande, debitering, redovisning och betalning av bl.a. mervärdesskatt (prop. 2010/11:165 s. 292 jfr med s. 270 f.). De materiella bestämmelserna om mervärdesskatt finns i mervärdesskattelagen.
Uppdelningen är inte konsekvent. Registreringsbeslut och vissa andra beslut finns både i mervärdesskattelagen och i skatteförfarandelagen.
De beslut som fattas med stöd av förfarandebestämmelser i mervärdesskattelagen är typiskt sett beslut som rör mervärdesskatt men som inte handlar om uttag av själva skatten, bl.a.
Beslut som rör mervärdesskatt som fattas med stöd av skatteförfarandelagen är bl.a.