Det finns olika slag av inkomster som inte är underlag för egenavgifter.
I vissa fall ska egenavgifter betalas på inkomster som mottagaren tar upp i sin deklaration som inkomst av tjänst. Mottagaren ska då betala egenavgifter men bara på ersättningar för arbete, som från en och samma utbetalare under året uppgår till minst 1 000 kr (3 kap. 9 § SAL). Det är samma beloppsgräns som finns för skyldigheten att betala arbetsgivaravgifter (2 kap. 14 § SAL).
För den som bedriver näringsverksamhet beräknas egenavgifterna på överskottet i verksamheten. Det saknar då betydelse vilka inkomster som skapat överskottet. Det kan t.ex. vara ersättningar för arbete från uppdragsgivare på såväl över som under beloppsgränsen 1 000 kr, försäljningsinkomster och ränteinkomster. Det sammanlagda underlaget för egenavgifter måste dock uppgå till minst 1 000 kr. Inga egenavgifter ska betalas om avgiftsunderlaget understiger 1 000 kr (3 kap. 14 § SAL).
Beloppsgränsen, 1 000 kr gäller även för inkomster från sådan självständig verksamhet, t.ex. hobby, som beskattas i inkomstslaget tjänst (3 kap. 14 § SAL). Om exempelvis en biodlare säljer honung och efter avdrag för sina utgifter i biodlarverksamheten ett år har ett överskott på 900 kr, ska biodlaren inte betala egenavgifter. Det gäller under förutsättning att han eller hon inte har andra inkomster som är underlag för egenavgifter.
Egenavgifter ska inte betalas på sjukpenning och rehabiliteringspenning enligt SFB. Detsamma gäller också arbetsskadesjukpenning enligt SFB och motsvarande ersättning som ges ut enligt annan författning eller på grund av regeringens förordnande (3 kap. 10 § SAL). Den som får sjukpenningen ska ta upp den som inkomst i inkomstslaget näringsverksamhet om sjukpenningen ersätter uteblivna inkomster i näringsverksamheten (15 kap. 8 § IL).
Sjukpenning och andra socialförsäkringsförmåner är underlag för de avgifter som staten betalar till socialförsäkringen.
En fysisk person som bedriver aktiv näringsverksamhet ska normalt betala egenavgifter på överskottet (3 kap. 1 och 3 §§ SAL). Den som ger ut ersättning för arbete till en mottagare som inte är godkänd för F-skatt ska ändå med få undantag betala arbetsgivaravgifter, oavsett om ersättningen ingår i en näringsverksamhet som mottagaren bedriver. Därför finns en bestämmelse som säger att egenavgifter inte ska betalas på ersättning för arbete som för mottagaren är inkomst i näringsverksamhet i de fall utgivaren är skyldig att betala arbetsgivaravgifter (3 kap. 11 § SAL).
Reglerna innebär sammanfattningsvis följande för en person som bedriver näringsverksamhet men som inte är godkänd för F-skatt:
Svea driver en färgbutik. Hon utför också en del målningsarbeten åt byggföretag och några småjobb åt privatpersoner. De inkomster hon får för utförda arbeten ingår också i näringsverksamheten. Därutöver har Svea fått sjukpenning från Försäkringskassan. Svea är inte godkänd för F-skatt. Av överskottet i näringsverksamheten 350 000 kr är 125 000 kr ersättningar från byggföretagen. Från privatpersoner har hon fått betalningar på totalt 3 000 kr men som från var och en av uppdragsgivarna är under 1 000 kr. Sjukpenningen är 2 000 kr. Därför ska 130 000 kr (125 000 + 3 000 + 2 000) inte ingå i underlaget för egenavgifter, medan resterande 220 000 kr ingår i avgiftsunderlaget.
Avgiftsunderlag för egenavgifter ska inte fastställas om den avgiftsskyldige avlidit under beskattningsåret (3 kap. 12 § tredje stycket SAL). I stället kommer dödsboet att bli skyldigt att betala särskild löneskatt på vissa förvärvsinkomster på sådana inkomster som annars skulle ha varit underlag för egenavgifter om personen hade levt hela året (2 § SLFL).