En person kan vara ansvarig för flera olika skattekonton.
Skatteverket ska avräkna inbetalningar och andra tillgodoförda belopp mot de sammanlagda skulderna.
Den som ska betala skatt kan ibland ha två eller flera skattekonton knutna till olika person- eller organisationsnummer. I förarbetena till SFL betonas att reglerna om avräkning handlar om en betalares sammanlagda skuld och alltså inte om en begränsad avräkning inom ett enda skattekonto (prop. 2010/11:165 s. 1024).
Med sammanlagd skatteskuld vid avräkning avses samtliga beslutade skatter och avgifter som har förfallit till betalning som den betalningsskyldiga är ansvarig för. Det kan alltså vara förfallna skatter och avgifter på flera skattekonton, t.ex. ett skattekonto knutet till personnumret och ett annat knutet till ett samordningsnummer samt sidobetalningsansvar (prop. 2010/11:165 s. 1025)
Eftersom reglerna om avräkning tar sikte på vem som är betalare, ska reglerna för avräkning tillämpas mellan olika konton som innehas av samma betalare (62 kap. 11 § SFL).
Avräkningen görs så att hela eller en del av överskottet på det ena kontot flyttas till det andra kontot för att täcka underskottet där. Räntan behandlas som att det endast är fråga om ett konto.
Samordningsnummer tilldelas fysiska personer som har uppehållsrätt i Sverige utan att uppfylla förutsättningarna för att bli folkbokförda. Samordningsnummer tilldelas bl.a. av skatteskäl men även i andra situationer då någon behöver ett registeringsnummer hos en myndighet. Om personen senare blir folkbokförd i Sverige tilldelas han eller hon ett personnummer. Transaktioner som registrerats på kontot för samordningsnummer flyttas då till kontot med personnummer.
En fysisk person kan ha ett skattekonto knutet till ett personnummer och ett annat konto knutet till ett GD-nummer. Ett GD-nummer är ett registreringsnummer som tilldelats en begränsat skattskyldig person.
Det kan blir aktuellt att räkna av betalningar och andra tillgodoförda belopp mellan det skattekonto som är knutet till personnumret och det skattekonto som är knutet till GD-numret.
En utländsk juridisk person som bedriver verksamhet från ett fast driftställe i Sverige tilldelas ett organisationsnummer av Skatteverket. Det förekommer att det utländska bolaget också registerar en filial i Sverige som också får ett organisationsnummer som filial. En filial är dock ingen självständig juridisk person, utan en del av det bolag det är en filial till. Det kan knytas ett skattekonto till båda organisationsnumren. Eftersom det är samma betalare för båda kontona kan Skatteverket avräkna mellan kontona.