Avräkning sker i första hand från den statliga inkomstskatten och i andra hand från den kommunala inkomstskatten.
I första hand ska avräkning ske från den statliga inkomstskatten och i andra hand från den kommunala inkomstskatten (2 kap. 7 § första stycket AvrL). I vilken ordning de olika statliga inkomstskatterna ska sättas ned är inte reglerat i avräkningslagen.
Avräkning från avkastningsskatt på pensionsutfästelser i balansräkningen, som vid spärrbeloppsberäkningen jämställs med den statliga inkomstskatten på förvärvsinkomster, får göras när den statliga och kommunala inkomstskatten inte räcker till för hela avräkningen (3 kap. 1 § andra stycket AvrL).
Skatteverket sätter ned skatterna i följande ordning: