Lön och andra ersättningar till en person som arbetar för en internationell organisation kan ibland omfattas av speciella regler som bygger på internationella överenskommelser.
Protokollet om immunitet och privilegier för Europeiska organisationen för kärnforskning (SFS 2020:837) har införlivats i svensk lagstiftning enligt punkt 79 i bilagan till lagen (1976:661) om immunitet och privilegier i vissa fall (SFS 2020:269).
Protokollet innebär bl.a. att organisationens tjänstemän och generaldirektör ska beskattas av organisationen för de löner och löneförmåner som betalas ut av organisationen och att dessa inkomster undantas från nationell beskattning.
Dock har Sverige gjort en reservation som innebär att löner och löneförmåner som betalas av organisationen till svenska medborgare och personer bosatta i Sverige ska vara befriade från svensk beskattning endast i den utsträckning som medges enligt svensk lagstiftning. Skattebefrielse kan medges enligt den s.k. ettårsregeln (3 kap. 9 § IL) om alla förutsättningar är uppfyllda.
Skatteverket anser att den skatt som betalats till CERN inte kan avräknas enligt de bestämmelser som finns i AvrL.
CERN (Organisation Européenne pour la Recherche Nucléaire) anses vara det ledande laboratoriet i världen för högenergifysik. CERN är beläget i Genève, Schweiz. Sverige blev medlem i CERN 1954.