Vissa beslut inom mervärdesskatteområdet fattas med stöd av mervärdesskattelagen, andra med stöd av skatteförfarandelagen.
I gamla mervärdesskattelagen fanns det reglerat att alla beslut som fattades enligt den lagen fattades av Skatteverket (12 kap. 1 § GML) där skatteförfarandelagen inte träder in för att reglera beslutsförfarandet (se prop. 1996/97:100 s. 668).
I mervärdesskattelagen har denna lagstiftningsteknik frångåtts. Lagstiftaren har ansett att en sådan bestämmelse är obehövlig då det redan framgår av de bestämmelser i den nya lagen som rör sådana beslut att dessa fattas av Skatteverket (SOU 2020:31 s 506 samt se prop. 2022/23:46 s. 398 och s 479).
Fortfarande gäller alltså att när skatteförfarandelagen inte reglerar beslutsförfarandet innebär det t.ex. att den lagens särskilda bestämmelser om kommunikationsskyldighet för att inhämta yttrande över tilltänkta nackdelsbeslut inte är tillämpliga.
Utgångspunkten är att skatteförfarandelagen ska reglera uttaget och kontrollen av alla skatter och avgifter och det kopplas i förarbetena till förfarandemomenten bestämmande, debitering, redovisning och betalning av bl.a. mervärdesskatt (prop. 2010/11:165 s. 292 jfr med s. 270 f.). De materiella bestämmelserna om mervärdesskatt finns i mervärdesskattelagen.
Uppdelningen är inte konsekvent. Registreringsbeslut och vissa andra beslut finns både i mervärdesskattelagen och i skatteförfarandelagen.
De beslut som fattas med stöd av förfarandebestämmelser i mervärdesskattelagen är typiskt sett beslut som rör mervärdesskatt men som inte handlar om uttag av själva skatten, bl.a.
I mervärdesskattelagen finns två kapitel om särskilda ordningar där det finns reglerat att Skatteverket i vissa fall ska fatta beslut om så kallade identifieringsbeslut och om återkallelse av sådana beslut, samt undantag från mervärdesskatt m.m.
De beslut som fattas med stöd av 18 och 22 kap. ML fattas därmed med stöd av förfarandebestämmelser i mervärdesskattelagen.
Beslut som rör mervärdesskatt som fattas med stöd av skatteförfarandelagen är bl.a.