Beräkning av tilläggsskatt ska ske när Skatteverket har fattat ett beslut om tilläggsskatt.
Efter att beslut om tilläggsskatt har fattats beräknar Skatteverket skatt att betala (56 a kap. 5 § SFL). I beräkningen särskiljs nationell tilläggsskatt från tilläggsskatt enligt huvudregeln och tilläggsskatt enligt kompletteringsregeln (56 a kap. 6 § SFL). Nationell tilläggsskatt ska registreras på ett särskilt skattekonto som avser sådan skatt (61 kap. 1 § SFL).
Om Skatteverket har beslutat om skattetillägg med anledning av beslut om tilläggsskatt eller påfört förseningsavgifter så läggs de beloppen alltid till i den beräkning som avser tilläggsskatt enligt huvudregeln eller tilläggsskatt enligt kompletteringsregeln 56 a kap. 5 § SFL. Så sker även om det inte finns någon tilläggsskatt enligt huvudregeln eller tilläggsskatt enligt kompletteringsregeln att betala. Detta kan vara fallet om den skattskyldiga endast ska betala nationell tilläggsskatt (prop. 2023/24:32 s 670 f).