När det finns förutsättningar att ta ut kontrollavgift måste Skatteverket pröva om det finns några skäl för befrielse.
Om det är oskäligt att ta ut en kontrollavgift med fullt belopp ska Skatteverket besluta om hel eller delvis befrielse från avgiften (51 kap. 1 § SFL). I paragrafen ges exempel på vad som särskilt ska beaktas vid bedömningen av om det är oskäligt att ta ut kontrollavgift med fullt belopp. Exemplifieringen är inte uttömande så även andra omständigheter kan innebära att en kontrollavgift kan anses oskälig.
När det gäller kontrollavgifter kan följande befrielsegrunder bli aktuella av de som exemplifieras i 51 kap. 1 § SFL.
Före SFL fanns bestämmelserna om kontrollavgift i branschkontrollagen. Enligt den skulle Skatteverket befria från kontrollavgift om överträdelsen var ringa, ursäktlig eller om det annars fanns särskilda skäl. Det som enligt branschkontrollagen omfattades av befrielsegrunderna ringa, ursäktligt eller särskilda skäl faller numera in under uttrycket oskäligt i SFL. De exempel på situationer som nämns i förarbetena till branschkontrollagen är fortfarande aktuella (prop. 2010/11:165 sid. 964).
I författningskommentaren till 16 § branschkontrollagen (prop. 2005/06:169 s. 129) sägs följande:
Om överträdelsen är ringa eller ursäktlig eller det annars finns särskilda skäl får näringsidkaren helt eller delvis befrias från kontrollavgiften. Exempel på en ringa överträdelse kan vara fall där en person som är verksam i näringsverksamheten väl är antecknad i personalliggaren och är identifierbar, men personnumret är ofullständigt antecknat. Utrymmet för befrielse från avgift är begränsat. Det är inte möjligt att ge någon uttömmande uppräkning av vad som är ursäktligt eller annars utgör särskilda skäl. Befrielsegrunderna bör dock kunna vara hänförbara såväl till själva misstämningen i sig som till näringsidkarens person. En felaktig bedömning av om den bedrivna verksamheten omfattas av kraven enligt lagen utgör i de allra flesta fall inte skäl för befrielse. Omständigheterna i det enskilda fallet kan dock i enstaka fall vara sådana att det är svårt att avgöra om lagen är tillämplig eller inte. I ett sådant fall kan det finnas skäl för befrielse. Befrielse bör också vara möjlig om överträdelsen legat helt utanför näringsidkarens kontroll. Så kan vara fallet om näringsidkaren kan styrka att överträdelsen har skett genom handlingar av anställd personal, såsom sabotage, och överträdelsen inte kunnat förhindras av näringsidkaren genom bättre struktur eller organisation av företaget. Ovan angivna exempel på situationer då befrielse bör komma i fråga är inte avsedda att vara uttömmande. Skatteverket får göra en bedömning utifrån de särskilda förhållandena i de enskilda fallen. Om kontrollavgift i det enskilda fallet inte kan anses proportionerlig till överträdelsen finns möjlighet till delvis befrielse av avgiften.
Bedömningen av om det finns skäl för befrielse föreligger ska vara nyanserad och inte alltför restriktiv (prop. 2005/06:169 s. 54).
Hög eller låg ålder hos näringsidkaren torde sällan kunna föranleda befrielse från kontrollavgift. En förutsättning för att bestämmelserna om personalliggare ska bli tillämpliga är nämligen att näringsverksamhet bedrivs. Den som bedriver en näringsverksamhet får oavsett ålder förväntas känna till de grundläggande reglerna om personalliggare.
Befrielse från kontrollavgift kan komma ifråga om bristande hälsa eller liknande förhållanden kan antas ha påverkat näringsidkarens förmåga att fullgöra sina skyldigheter för personalliggare. För kontrollavgifter torde denna befrielsegrund bara bli tillämplig i sällsynta fall.
Det är i de flesta fall inte något skäl för befrielse om ett företag felaktigt har bedömt att verksamheten inte omfattas av bestämmelserna om personalliggare. Omständigheterna i det enskilda fallet kan dock i enstaka fall vara sådana att det är svårt att avgöra om verksamheten omfattas eller inte omfattas av bestämmelserna. I sådana fall kan befrielse medges.
Befrielse ska alltid medges om kontrollavgiften i det enskilda fallet inte står i rimlig proportion till överträdelsen.
Skatteverket ska medge befrielse om det, utan att företaget kan lastas för det, tar oskäligt lång tid innan företaget får slutligt besked om kontrollavgiften. Bestämmelsen avser både handläggningen hos Skatteverket och en eventuell domstolsprövning. Vad som är acceptabel tid får avgöras i det enskilda fallet med hänsyn till bl.a. hur komplicerat ärendet är. Ärenden gällande kontrollavgift torde sällan vara så komplicerade att en längre handläggningstid kan vara befogad av den anledningen.
Lagrådet har i yttrande över branschkontrollagen framfört att det är angeläget att Skatteverket inte tar ut kontrollavgifter slentrianmässigt och att möjligheterna till befrielse tillämpas generöst då det saknas skäl att anta brottslig avsikt bakom bristerna i personalliggaren (prop. 2005/2006:169 s 217). Något stöd för att avsaknad av brottslig avsikt generellt ska motivera befrielse från kontrollavgift ges dock inte av regeringen i propositionen. Däremot kan Skatteverket beakta det när det finns andra omständigheter som talar för befrielse. Om det kan antas att det finns en brottslig avsikt eller att felet har gjorts medvetet bör befrielse normalt sett inte komma ifråga.
Det finns inga fasta nivåer vid delvis befrielse. Det innebär att Skatteverket kan medge befrielse till en valfri nivå eller till ett valfritt belopp. Av prop. 2010/11:165 s. 477 framgår att fasta hållpunkter bör finnas och att det är nödvändigt att vissa schabloner ställs upp. Vidare konstateras att befrielse till hälften eller en fjärdedel i de flesta fall innebär en rimlig nyansering. Om nedsättningen till dessa nivåer däremot inte ger ett rimligt resultat är det möjligt att sätta ned kontrollavgiften på annat sätt.
Detta innebär att Skatteverket vid delvis befrielse från en kontrollavgift normalt ska hålla sig till hälften eller en fjärdedel. Det är först om detta inte innebär ett rimligt resultat som befrielse ska medges på något annat sätt.
Skatteverket ska alltid pröva om det finns någon grund för befrielse även om företaget inte har åberopat något skäl för det.
Här ges exempel på hur frågan om befrielse ska bedömas i situationer med anknytning till bestämmelserna om personalliggare.
Om endast en person skulle ha antecknats i personaliggaren och någon sådan anteckning inte har gjorts ska Skatteverket medge hel befrielse från kontrollavgiften på 10 000 kr om personalliggaren är korrekt förd tiden före kontrollbesöket. Skälet för befrielse är att det får anses vara oskäligt att ta ut en kontrollavgift på 10 000 kr för ett fel som består i att vid ett enstaka tillfälle inte ha antecknat den ende verksamme personen i personaliggaren. Skatteverket ska i en sådan situation endast ta ut en kontrollavgift med 2 000 kr för att den verksamme inte är antecknad i personalliggaren.
Om personalliggaren är bristfällig på andra sätt än att det saknas anteckningar för kontrollbesöksdagen ska Skatteverket ta ut kontrollavgift på 10 000 kr enligt vad som sägs under förutsättningar för kontrollavgift i avsnittet om bristfällig personalliggare.
Om företaget inte håller äldre delar av personalliggaren tillgänglig i verksamhetslokalen får en kontrollavgift tas ut. Exempel på detta är när företaget för en manuell personalliggare och vid Skatteverkets kontroll inte kan visa upp gamla liggare inom en rimlig tidsperiod. Vad som är en rimlig tidsperiod får avgöras från fall till fall. Enligt Skatteverkets mening finns det större utrymme för befrielse vid dröjsmål med att tillhandahålla äldre liggare än beträffande den som används för närvarande.