Efter beslut om ersättning ska ersättningen betalas ut till en behörig person, men inte förrän beslutet fått laga kraft. Skatteverket får inte kvitta ersättningen eller kreditera skattekontot med ersättningen.
Ett beslut om ersättning för kostnader för ombud, biträde eller utredning gäller inte omedelbart. Det innebär att ersättningen inte får betalas ut förrän beslutet har fått laga kraft mot Skatteverket (68 kap. 2 § SFL). Med laga kraft menas att ett beslut inte längre får överklagas. Skatteverket får inte överklaga sina egna beslut. Det innebär att ersättningsbeslut som Skatteverket har meddelat får laga kraft mot Skatteverket omedelbart. Allmänna ombudet har rätt att överklaga Skatteverkets beslut (67 kap. 23 § SFL), men detta förändrar inte förhållandet att ersättningsbeslut som har meddelats av Skatteverket får laga kraft mot Skatteverket omedelbart.
Oavsett om det är Skatteverket eller en domstol som har beslutat om ersättning för kostnader för ombud, biträde eller utredning är det Skatteverket som verkställer utbetalningen. Skatteverket ska normalt hämta in lagakraftbevis från domstolen innan ersättningen betalas ut.
Möjligheten att anlita ett ombud eller biträde har stor betydelse för rättssäkerheten och även den som har skatteskulder ska kunna anlita ett ombud eller biträde (prop. 2010/11:165 sid. 419). För att säkerställa att den beviljade ersättningen betalas ut får Skatteverket inte kvitta en fordran på ersättning mot den enskildes sammanlagda skatteskuld (71 kap. 4 § SFL) eller genom registrering av ersättningen på skattekontot (61 kap 1 § andra stycket SFL).
Huvudprincipen är att den som har beviljats ersättning är den som Skatteverket ska betala ut ersättningen till. Om denne har ett ombud är det omfattningen av fullmakten som avgör om Skatteverket ska betala till ombudet istället. Är fullmakten fortfarande gällande och omfattar den uttryckligen mottagande av ersättning, alla åtgärder med anledning av ersättningsärendet eller motsvarande så ska utbetalning ske till det befullmäktigade ombudet.
Observera att ett ombud för en utländsk beskattningsbar person (6 kap. 2 § SFL) eller ett deklarationsombud (6 kap. 4 § SFL) inte är behörigt att motta utbetalning av ersättning för kostnader. För det fordras en fullmakt.
Har en konkursförvaltare trätt in i ett ärende eller en process ska ersättningen betalas ut till konkursboet.
För ersättningar som ska betalas ut med stöd av SFL är det möjligt för den som har rätt till ersättningen att överlåta sin fordran på ersättning till sitt ombud eller biträde innan ersättningsbeslutet fått laga kraft mot Skatteverket. En sådan överlåtelse hindrar att fordran mäts ut för den enskildes skulder (prop. 2010/11:165 sid. 419).
Skatteverkets åtgärd att betala ut ersättning i enlighet med domstols dom utgör inget överklagbart beslut (RÅ 2008 not. 108).