Huvudregeln för omprövning till nackdel på Skatteverkets initiativ är att Skatteverket ska meddela beslut inom två år från utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut (tvåårsfristen).
Ett beslut som är till nackdel för den som beslutet gäller ska meddelas inom två år från utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut (tvåårsfristen), 66 kap. 21 § SFL.
Förfarandet för omprövning till nackdel för den som beslutet gäller är uppdelat på två olika regelverk: det ordinära förfarandet och omprövning enligt bestämmelserna om efterbeskattning. I 66 kap. 21–24 §§ SFL regleras det ordinära förfarandet för omprövning till nackdel på Skatteverkets initiativ. Huvudregeln är att Skatteverket ska meddela eventuella omprövningsbeslut till nackdel inom två år från utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut.
Tvåårsfristen för omprövning till nackdel gäller både omprövning av det första beslutet (grundbeslut) och för omprövning av ett omprövningsbeslut till nackdel för den som beslutet gäller.
Skatteverket får inom tvåårsfristen ompröva sina beslut till nackdel på oförändrat utredningsmaterial (RÅ 1996 ref. 102). Det förutsätter dock att det inte finns några uttryckliga begränsningar. Begränsande föreskrifter finns dock för omprövning till nackdel av beslut om ersättning för kostnader (66 kap. 25 § SFL) och omprövning till nackdel av beslut om debitering av preliminär skatt (66 kap. 26 § SFL). Dessutom innebär bestämmelserna om återkallelse av beslut begränsningar i Skatteverkets möjligheter till omprövning till nackdel. På områden där det i SFL finns regler om återkallelse av beslut ska de reglerna tillämpas och inte omprövningsbestämmelserna i 66 kap. SFL (66 kap. 20 § SFL).
Om ett beslut om preliminär A-skatt har fattats och det senare uppstår behov av att justera skatteavdraget kan det ske genom att beslutet omprövas. Frågan hur stort skatteavdrag som ska göras förfaller dock vid beskattningsårets utgång. Efter den tidpunkten kan skatteavdraget inte ändras. Det innebär att det inte behövs någon särskild tidsfrist för omprövning till nackdel av beslut om preliminär skatt. Tvåårsfristen är alltså tillämplig, men i praktiken kan någon omprövning inte ske efter beskattningsårets sista skatteavdrag (prop. 2010/11:165 s. 1107 f.).
Ett beslut anses inte meddelat förrän det har fått sin slutgiltiga form och har expedierats eller på annat sätt offentliggjorts (RÅ 2004 ref. 105). För att ett beslut ska anses meddelat inom tvåårsfristen krävs alltså att det har expedierats eller på annat sätt offentliggjorts inom två år från utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut.
Om beslutet är meddelat senare, men under efterbeskattningsperioden, är det att anse som ett efterbeskattningsbeslut (RÅ 1998 not. 106), även om Skatteverket inte redogjort för grunden för efterbeskattning eller om det finns skäl för efterbeskattning. Skatteverket anser att ändring av bristfälligt motiverat beslut i så fall kan komma ifråga (Skatteverkets ställningstagande om att omprövningsbeslut till nackdel efter ordinarie omprövningsfrist är efterbeskattningsbeslut).
För underrättelse om beslut som fattats med stöd av SFL eller SFF gäller reglerna i 17 kap. SFF. Det som där finns reglerat har företräde framför reglerna om underrättelse om beslut i 21 § FL (3 § FL).
Vad en underrättelse om ett beslut från Skatteverket normalt ska innehålla framgår av 21 § myndighetsförordningen (2007:515). Undantag för beslut som fattas genom automatiserad behandling finns i 28 § förordningen (2007:780) med instruktion för Skatteverket.
I 17 kap. 3 § SFF finns särskilt reglerat att en underrättelse om ett beslut ska innehålla uppgifter om vem som har fattat beslutet och i förekommande fall vem som har varit föredragande i de fall underrättelsen avser ett
Observera att det numera saknas krav i lag eller förordning att besluten som fattas med stöd av SFL eller SFF ska vara undertecknade.
Om inte delgivning ska användas (se 17 kap. 4–8 §§ SFF) bestämmer Skatteverket på vilket sätt underrättelse ska ske (17 kap. 9 § SFF).