Stiftelser är som huvudregel skattskyldiga för fastighetsinkomster, men i vissa fall kan inkomsterna undantas från beskattning. Beskattningen påverkas bland annat av vilken typ av fastighet det är och om stiftelsen är inskränkt eller oinskränkt skattskyldig.
Stiftelser är som huvudregel skattskyldiga för fastighetsinkomster (6 kap. 4 § IL). Fastighetsinkomster kan i vissa fall undantas från beskattning om fastigheten används i allmännyttig verksamhet (7 kap. 21 § IL). Exempel på en fastighet som används i allmännyttig verksamhet är en stiftelse som har social hjälpverksamhet till ändamål och bedriver verksamheten i en egen fastighet. En fastighet kan även användas delvis kommersiellt och delvis i en allmännyttig verksamhet.
Vissa stiftelser som uppräknas i 3 kap. 4 § FTL är som ägare till där nämnda fastigheter undantagna från skattskyldighet till fastighetsskatt och för vissa fastighetsinkomster. För dessa fastigheter fastställs inte något fastighetstaxeringsvärde. Fastighetstaxeringen grundas på förhållandena vid årets ingång. Eftersom dessa förhållanden i vissa fall kan ha grundats på felaktiga förutsättningar, anses fastighetstaxeringen inte ovillkorligt styra inkomstbeskattningen av fastigheten. I fråga om skatte- och avgiftsplikten är det karaktären på fastigheten enligt 3 kap. FTL som avgör och inte den faktiska taxeringen (RÅ 1993 ref. 36). För att en fastighet ska fastighetstaxeras enligt 3 kap. 4 § FTL krävs att den ägs av en juridisk person angiven i lagrummet, och att den till övervägande del används i ägarens allmännyttiga verksamhet.
Undantag från inkomstskatt enligt 7 kap. 21 § IL medges enbart för de ägare som räknas upp i 3 kap. 4 § FTL. Fastigheten ska också till övervägande del användas för de ändamål som anges i fastighetstaxeringslagen. Dock för ideella föreningar och registrerade trossamfund sker beskattning istället enligt bestämmelserna i 7 kap. 3 § andra stycket 2 IL.
I 7 kap. 21 § IL behandlas ägare av fastigheter som avses i 3 kap. 4 § FTL. Kravet i fastighetstaxeringslagen för skattefrihet från fastighetsskatt och fastighetsavgift är att fastigheten ägs av någon av vissa uppräknade institutioner och att fastigheten till övervägande del används i deras verksamhet som sådan. De ägare som avses är bland andra:
Skattefriheten gäller inte egendomar som utgör en lantbruksenhet som taxeringsenhet.
Ägarna ovan till fastigheter som används i den allmännyttiga verksamheten (med undantag för allmännyttiga ideella föreningar och registrerade trossamfund som bedöms enligt 7 kap. 3 § IL), är inte skattskyldiga för inkomster av fastigheten i den mån fastigheten till övervägande del används i deras ändamålsenliga allmännyttiga verksamhet. Detta innebär att fastighetsinkomsterna beskattas hos ägaren i den mån de kommer från någon annan användning.