Det finns några undantag från skattskyldighetens inträde för den som godkänts som lagerhållare.
I vissa fall inträder inte skattskyldigheten för den som är godkänd lagerhållare (39 a § LTS). Detta innebär att varor för vilka skattskyldigheten skulle ha inträtt enligt 39 § 1 b LTS ändå inte ska beskattas om något av undantagen i bestämmelsen är tillämpligt.
Skattskyldigheten för en godkänd lagerhållare inträder enligt 39 a § LTS inte för en skattepliktig vara som antingen
Snus, tuggtobak eller övrig tobak som förstörts under tillsyn av Skatteverket undantas från skattskyldighet (39 a § 1 LTS). Bestämmelsen är tillämplig på t.ex. restprodukter som uppkommer vid tillverkningen och som inte går att sälja men som fortfarande är skattepliktiga produkter. Motsvarande bestämmelse finns i 18 § första stycket 2 LTS avseende upplagshavare. Av förarbetena framgår att det kan uppkomma situationer då även lagerhållare behöver förstöra restprodukter utan att skattskyldighet inträder (prop. 2020/21:112 s. 50 och s.80).
Snus, tuggtobak eller övrig tobak som en godkänd lagerhållare återanvänder vid tillverkning av skattepliktiga tobaksvaror undantas från skattskyldighet (39 a § 2 LTS). Bestämmelsen avser situationer då lagerhållaren använder snus, tuggtobak eller övrig tobak vid tillverkningen och där skattskyldighet normalt inträder enligt 39 § 1 b LTS, d.v.s. att varorna används för ett annat ändamål än försäljning. Bestämmelsen motsvarar 21 § LTS avseende upplagshavare (prop. 2020/2021:112 s. 80).
Snus, tuggtobak eller övrig tobak som uteslutande använts för provning av varornas kvalitet undantas från skattskyldighet (39 a § 3 LTS). Av förarbetena framgår att det kan uppstå situationer där kemisk analys och andra prover av varors kvalitet kan behöva göras vid externa laboratorier. Regeringen anser att godkända lagerhållare ska kunna prova kvaliteten på snus, tuggtobak och övrig tobak utan att några skattekonsekvenser uppstår på motsvarande sätt som upplagshavare har möjlighet till, jämför 21 § 2 LTS och bestämmelsen i 32 § 5 LTS (prop. 2020/21:112 s. 49 och s. 81).
För att kunna styrka rätten till undantag från skattskyldighet krävs någon form av bevis i form av uppgifter i bokföring, analysprotokoll eller liknande (prop. 2020/21:112 s. 81).