Skatteverkets verksamhet och dess ledning styrs genom bestämmelser i myndighetsförordningen och förordningen med instruktion för Skatteverket. Det finns också EU-förordningar som styr verksamheten.
I myndighetsförordningen (2007:515) finns regler som gäller för förvaltningsmyndigheter under regeringen. Förordningen reglerar Skatteverkets ledning och handläggningen av ärenden.
I förordningen (2017:154) med instruktion för Skatteverket finns bestämmelser om hur Skatteverket ska vara organiserat och vilka uppgifter som myndigheten ansvarar för. Av förordningen framgår att Skatteverket leds av en styrelse som består av högst åtta ledamöter (16 och 17 §§).
Skatteverket har även en arbetsordning där det bl.a. framgår hur myndigheten är organiserad, arbetsfördelningen inom myndigheten och hur ärenden handläggs.
Till arbetsordningen är bifogat en delegationsordning, där särskilda delegationer för vissa ärendetyper framgår. Delegationerna innebär bl.a. att särskilt förordnade tjänstemän (SFT) har rätt att fatta beslut och visar också på vilken lägsta nivå inom organisationen som olika ärenden ska beslutas.
En mer detaljerad beskrivning av myndighetens arbetsuppgifter och fördelning av handläggningsansvar och beslutsbefogenheter för olika tjänstemän framgår i handläggningsordningen. Varje avdelning inom Skatteverket har en egen handläggningsordning.
EU-förordningen (2018/1724) om inrättande och drift av gemensam digital ingång innebär att myndigheter ska ge både privatpersoner och företag rätt till
I december 2020 etablerades EU-portalen Your Europe där användare lotsas vidare till relevant information och relevanta digitala tjänster i varje medlemsstat. Syftet med ingången är att göra det lättare för privatpersoner och företag att få tillgång till relevant information och kunna utföra tjänster digitalt hos offentliga aktörer inom hela EU.
Portalen Your Europe innehåller idag information från både statliga myndigheter och kommuner och regioner. Från december 2023 ska även digitala tjänster finnas tillgängliga som gör det möjligt för EU-medborgare att utföra digitala ärenden över gränserna.
I Sverige är det Myndigheten för digital förvaltning (Digg) som är nationell samordnare för arbetet med att införa EU förordningen om en gemensam digital ingång.
I EU-förordningen (910/2014) om elektronisk identifiering för fysiska och juridiska personer (eIDAS) finns regler som innebär att det är obligatoriskt för offentliga e-tjänster att tillåta inloggning även med andra medlemsstaters e-legitimationer. Norge, Island och Liechtenstein ingår också i regelverket.