Efter beslut om ersättning ska ersättningen betalas ut till en behörig person, men inte förrän beslutet har fått laga kraft. Skatteverket får inte kvitta ersättningen eller kreditera skattekontot med ersättningen.
Ett beslut om ersättning för kostnader för ombud, biträde eller utredning gäller inte omedelbart. Det innebär att ersättningen inte får betalas ut förrän beslutet har fått laga kraft mot Skatteverket (68 kap. 2 § SFL). Med laga kraft menas att ett beslut inte längre får överklagas. Även om allmänna ombudet har rätt att överklaga Skatteverkets beslut (67 kap. 23 § SFL) får Skatteverket inte överklaga sina egna beslut. Det innebär att ersättningsbeslut som Skatteverket har meddelat får laga kraft mot Skatteverket omedelbart och att ersättningen ska betalas ut omgående.
Oavsett om det är Skatteverket eller en domstol som har beslutat om ersättning för kostnader för ombud, biträde eller utredning är det Skatteverket som verkställer utbetalningen. Skatteverket ska normalt hämta in lagakraftbevis från domstolen innan ersättningen betalas ut.
Möjligheten att anlita ett ombud eller biträde har stor betydelse för rättssäkerheten och även den som har skatteskulder ska kunna anlita ett ombud eller biträde (prop. 2010/11:165 sid. 419). För att säkerställa att den beviljade ersättningen betalas finns det ett förbud mot att kvitta en fordran på ersättning mot den enskildas sammanlagda skatteskuld (71 kap. 4 § SFL) eller att registrera utbetalningen av ersättningen på skattekontot (61 kap. 1 § andra stycket SFL).
Om den som har rätt till ersättning har skatteskulder som är överlämnade för indrivning så har Skatteverket en skyldighet att underrätta Kronofogden om utbetalningen (7 § IndrF). Även om det finns ett kvittningsförbud så kan Kronofogden utmäta gäldenärens fordran på ersättning om det finns ett mål hos Kronofogden där Skatteverket är sökande för skatteskulder. Det förutsätter dock att fordran inte är överlåten eller pantsatt (prop. 2010/11:165 s. 419 och 1188).
Huvudprincipen är att den som har beviljats ersättning är den som Skatteverket ska betala ut ersättningen till. Om denne har ett ombud är det omfattningen av fullmakten som avgör om Skatteverket ska betala till ombudet istället. Är fullmakten fortfarande gällande och omfattar den uttryckligen mottagande av ersättning, alla åtgärder med anledning av ersättningsärendet eller motsvarande så ska utbetalning ske till det befullmäktigade ombudet.
Observera att ett ombud för en utländsk beskattningsbar person (6 kap. 2 § SFL) eller ett deklarationsombud (6 kap. 4 § SFL) inte är behörigt att motta utbetalning av ersättning för kostnader. För det fordras en fullmakt.
Om en konkursförvaltare har trätt in i ett ärende eller en process ska ersättningen betalas ut till konkursboet. Om förvaltaren har underrättats om ärendet eller processen men valt att inte träda in så kommer den tillgång som fordran på ersättning utgör inte att ingå i konkursen. Ersättningen ska då betalas ut till den enskilda själv eller till dennes ombud.
Eftersom ersättningen inte dessa fall inte ingår i konkursboet så kan Kronofogden utmäta ersättningen. Om det finns ett mål hos Kronofogden där Skatteverket är sökande för skatteskulder ska Kronofogden därför underrättas om utbetalningen (7 § IndrF).
För ersättningar som ska betalas ut med stöd av SFL är det möjligt för den som har rätt till ersättningen att överlåta sin fordran på ersättningen, t.ex. till sitt ombud eller biträde, innan ersättningen kan betalas ut. En sådan överlåtelse hindrar att fordran mäts ut för den enskildas skulder (prop. 2010/11:165 sid. 419 och 1188). För att uppnå skydd mot utmätning krävs dock att Skatteverket har underrättats (denuntierats) om överlåtelsen.
Skatteverkets åtgärd att betala ut ersättning i enlighet med en domstols dom utgör inget överklagbart beslut (RÅ 2008 not. 108).