Om EU-reglerna om statligt stöd inte följs kan det få konsekvenser för såväl Sverige som för den stödgivande myndigheten och stödmottagaren.
Om en medlemsstat inte följer EU:s regler om statligt stöd initierar EU-kommissionen en skriftväxling med landets regering. Om kommissionen inte är nöjd med svaren kan den välja att gå vidare i ärendet. Om Sverige skulle vägra att följa EU-kommissionens beslut kan kommissionen välja att väcka talan inför EU-domstolen (se t.ex. artikel 14 och 16 rådets förordning 2015/1589 om genomförandebestämmelser för artikel 108 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt). Sverige riskerar då att fällas för fördragsbrott med kännbara böter som följd.
Den stödgivande myndigheten ska återkräva ett otillåtet statligt stöd från stödmottagaren (2 § lagen [2013:388] om tillämpning av Europeiska unionens statsstödsregler). Återkravet ska även omfatta ränta (4 § lagen [2013:388] om tillämpning av Europeiska unionens statsstödsregler). Det gäller även om det leder till att företaget måste försättas i konkurs.
Den som har tagit emot olagligt stöd ska betala tillbaka stödet, om inte undantag medges enligt EU-rätten (3 § lagen [2013:388] om tillämpning av Europeiska unionens statsstödsregler). Ett exempel på ett sådant olagligt stöd kan vara att stödmottagaren är ett företag i svårigheter enligt GBER och har därmed inte rätt att ta emot stöd.