När Skatteverket tar ut skattetillägg ska Skatteverket bestämma underlaget utan att ta hänsyn till andra kvittningsinvändningar än de som hör till frågan som ligger till grund för skattetillägget. (49 kap. 19 § SFL). Det innebär att ett skattetillägg i vissa fall kan bli oskäligt stort. För att få ett rimligt skattetillägg ska Skatteverket därför i vissa situationer befria, helt eller delvis, från ett fullt skattetillägg.
En förutsättning för befrielse är bl.a. att avdraget (kvittningsinvändningen) som minskar skatteuttaget har ett nära samband med den skattetilläggsgrundande höjningen utan att för den skull utgöra en tillåten kvittningsinvändning enligt 49 kap. 19 § SFL.
Om ingen slutlig skattelättnad överhuvudtaget hade uppkommit om Skatteverket följt den uppgiftsskyldigas redovisning kan det finnas skäl att helt befria från skattetillägget (SOU 2001:25 s. 375).
Om den uppgiftsskyldiga sålt aktier och varken har redovisat försäljningar som gett vinst eller de som har medfört förlust kan det i vissa fall vara oskäligt att ta ut ett fullt skattetillägg (prop. 2002/03:106 s. 240).
Skattetillägget ska beräknas på de oredovisade vinsterna utan någon hänsyn till de oredovisade förlusterna. Resultatet av varje enskild aktieförsäljning och den skattemässiga behandlingen av denna ska nämligen ses som en fråga och kvittning mot förlusterna får inte ske (RÅ 2001 ref. 20).
Om de oredovisade förlusterna överstiger vinsterna på de oredovisade aktieförsäljningarna ska Skatteverket helt befria från skattetillägg.
Hur Skatteverket ska befria när det finns oredovisade förluster som överstiger de oredovisade vinsterna får bedömas i varje enskilt fall.
Vid avyttring av en bostadsrätt eller en fastighet kan olika fel förekomma i en inkomstdeklaration. Vid vissa fel ska Skatteverket befria, helt eller delvis, från ett fullt skattetillägg.
När en uppgiftsskyldig helt eller delvis inte har rätt till yrkat uppskovsavdrag ska Skatteverket i vissa fall delvis befria från ett fullt skattetillägg.
Om en uppgiftsskyldig som förvärvat en ersättningsbostad yrkat för högt uppskovsavdrag ska Skatteverket normalt befria ned till en fjärdedels skattetillägg.
Skatteverket ska befria oavsett om ersättningsbostaden ligger i Sverige eller i ett annat land inom EES.
Vid en samlad bedömning av hur uppskovsreglerna är utformade och de möjligheter Skatteverket har att kontrollera om avdraget återförs på ett riktigt sätt är nämligen risken för att försäljningen aldrig ska beskattas i dessa fall mycket begränsad.
Om en uppgiftsskyldig fått ett preliminärt uppskovsavdrag men inte förvärvat en ersättningsbostad ska det preliminära uppskovsbeloppet återföras till beskattning. Om den uppgiftsskyldiga inte återfört beloppet till beskattning får något skattetillägg inte tas ut eftersom den oriktiga uppgiften framgår av avstämningsuppgifter.
Om den uppgiftsskyldiga felaktigt stryker en förifylld uppgift i deklarationen och skriver till ett annat belopp ska Skatteverket befria ned till en fjärdedels skattetillägg om skattetillägg ska tas ut med 40 procent.
Genom att stryka en förifylld uppgift i deklarationen och skriva till ett annat belopp har den uppgiftsskyldiga påstått att kontrolluppgiften är fel, vilket medför att kontrolluppgiften mister sin funktion som kontrollinstrument. Kravet på att uppgiftens oriktighet ska framgå av avstämningsuppgiften är i en sådan situation inte uppfylld och undantaget från att ta ut skattetillägg ska i sådant fall inte tillämpas om det senare visar sig att kontrolluppgiften var korrekt. Utgångspunkten är därför att Skatteverket ska ta ut skattetillägg med 40 procent. Risken är dock obetydlig för att Skatteverket inte skulle upptäcka felet och därför ska befrielse medges ned till en fjärdedels skattetillägg.
Detsamma gäller när en uppgiftsskyldig ändrar ett förtryckt belopp i en elektronisk inkomstdeklaration.
Att en uppgiftsskyldig som lämnat oriktigt uppgift betalat in rätt skatt på skattekontot utgör inte grund för befrielse från skattetillägg (RÅ 2004 not. 104).
Skattetillägg får inte tas ut om en oriktig uppgift framgår av avstämningsuppgifter (49 kap. 10 § 1 SFL).
Om en oriktig uppgift framgår av annat kontrollmaterial än avstämningsuppgifter ska undantaget i 49 kap. 10 § 1 SFL inte tillämpas.
Det finns kontrollmaterial som inte omfattas av definitionen av avstämningsuppgifter men som ändå kan sägas vara av avstämningskaraktär. Likaså kan det finnas annat kontrollmaterial som minskar risken för ett skatteundandragande. Det kan därför i vissa fall vara oskäligt att ta ut ett fullt skattetillägg om en oriktig uppgift framgår av annat kontrollmaterial än avstämningsuppgifter (prop. 2014/15:131 s. 223).
Skatteverket har i ställningstaganden bedömt situationer där det kan vara oskäligt att ta ut ett fullt skattetillägg.
Om en oriktig uppgift framgår av en utländsk kontrolluppgift anser Skatteverket att det finns skäl att befria ned till en fjärdedel av ett fullt skattetillägg. En förutsättning är att det är fråga om en automatisk kontrolluppgift, dvs. en kontrolluppgift som Skatteverket fått tillgång till med stöd av en överenskommelse med annat land. En ytterligare förutsättning är att kontrolluppgiften har varit tillgänglig för Skatteverket inom ett år från utgången av beskattningsåret.
Skatteverket ska inte befria på denna grund vid skönsbeskattning i avsaknad av deklaration.
Vid inkomstbeskattningen ska hel eller delvis befrielse från skattetillägg inte medges på grund av att den totala skattevinsten uteblivit eller minskat beroende på skatteeffekten hos ett annat skattesubjekt.
Ärendet gällde en fysiker och hens helägda aktiebolag som båda var delägare i ett kommanditbolag. Resultatet från kommanditbolaget hade fördelats felaktigt med för stor del till aktiebolaget och beskattningsbeslutet medförde därför att den fysiska personens beskattning höjdes och att skattetillägg togs ut. Domstolen ansåg att fullt skattetillägg skulle tas ut och det oberoende av att bolaget, om den oriktiga uppgiften hade godtagits, skulle ha blivit beskattat för det omfördelade resultatet från kommanditbolaget. Hänsyn togs inte heller till att den fysiska personen eventuellt skulle kunna bli beskattad för framtida uttag från bolaget (HFD 2017 ref. 68). Domstolen menade att även om den totala skatteeffekten blir lägre i aktuellt fall så ska man inte vid inkomstbeskattningen ta hänsyn till skatteeffekten hos en annan person än den som lämnat den oriktiga uppgiften. Vidare framgår av domen att förhållandena vid inkomstbeskattningen inte är likvärdiga med de som gäller vid mervärdesbeskattningen. Domen har därför inte medfört någon ändring vid tillämpningen av de befrielseregler gällande mervärdesskatt som framgår av RÅ 2009 ref 73 och Skatteverkets ställningstagande med dnr: 131 854335-12/111.