Om Skatteverket tar ut ytterligare punktskatt och detta beslut leder till avdrag vid inkomstbeskattningen och därmed sänkt inkomstskatt ska Skatteverket i vissa situationer delvis befria från ett fullt skattetillägg.
Det underlag som skattetillägget ska beräknas på för den ytterligare punktskatten bestäms nämligen utan hänsyn till den sänkta inkomstskatten (49 kap. 19 § SFL), vilket innebär att det i vissa fall är oskäligt att ta ut skattetillägg med ett fullt belopp (Skatteverkets ställningstagande om delvis befrielse när ändringen medför en avdragsrätt).
Skatteverket ska befria även om avdraget innebär att ett underskott i näringsverksamhet ökar eller att avdraget ska periodiseras.
Även om punktskatten ska dras av vid inkomstbeskattningen hos ett annat skattesubjekt än det som påförs den höjda punktskatten ska Skatteverket i vissa fall delvis befria från ett fullt skattetillägg. Exempel på detta är när avdraget vid inkomstskatt medges hos delägarna i ett handelsbolag, se nedan.
Ett handels- eller kommanditbolag är inte skattesubjekt vid inkomstbeskattningen. Trots det ska Skatteverkets ställningstagande om delvis befrielse när ändringen medför en avdragsrätt tillämpas på handels- och kommanditbolag.
Även ett handels- eller kommanditbolag kan därför befrias delvis från ett skattetillägg i denna situation trots att det inte är bolaget utan delägarna som får avdraget vid sin inkomstbeskattning.
Utgångspunkten är att Skatteverket i dessa situationer ska befria ned till tre fjärdedelar av ett fullt skattetillägg (SOU 2009:58 s. 546–547). I normalfallet motsvarar det ungefär den skatt som den uppgiftsskyldige hade undgått att betala om felet inte upptäckts.
Om den uppgiftsskyldige enbart hade undgått att betala cirka hälften av skatten på den oriktiga uppgiften om felet inte upptäckts, ska Skatteverket befria ned till ett halvt skattetillägg. Detta gäller t.ex. om den uppgiftsskyldige är en fysisk person och den övervägande delen (mer än hälften) av avdraget för skatten även reducerar statlig inkomstskatt.
Även handelsbolag och kommanditbolag kan ges halv befrielse om den övervägande delen av avdraget för skatten även reducerar statlig inkomstskatt för delägarna. Beräkningen sker för delägarna tillsammans.
Skatteverket ska inte befria när ett skattetillägg tas ut med en lägre procentsats på grund av periodiseringsfel.
Skatteverket ska inte heller befria från ett skattetillägg när den uppgiftsskyldige
Om det även finns skäl till befrielse från ett skattetillägg på annan grund ska Skatteverket inte tillämpa ställningstagandet om delvis befrielse när ändringen medför en avdragsrätt utan göra en fristående bedömning i det enskilda fallet.