Samtliga stiftelser är skyldiga att ansöka om organisationsnummer.
Samtliga stiftelser ha ett organisationsnummer enligt lagen (1974:174) om identitetsbeteckning för juridiska personer m.fl. (10 kap. 1 § SL, jfr övp. 8 till SFS 2009:244).
De flesta stiftelser ska registreras hos Länsstyrelsen. Dessa tilldelas organisationsnummer av Skatteverket i samband med registreringen. Övriga stiftelser gör en ansökan om organisationsnummer hos Skatteverket.
En stiftelse kan överklaga Skatteverkets beslut om organisationsnummer till förvaltningsrätten. För att överklaga till kammarrätt krävs prövningstillstånd (6 § lagen [1974:174] om identitetsbeteckning för juridiska personer m.fl.).
Ett organisationsnummer som har registrerats för en stiftelse kvarstår även efter att stiftelsen upphör. Däremot inaktiveras organisationsnumret i Skatteverkets databas. Om en stiftelse upphör bör man anmäla detta till Skatteverket så att organisationsnumret kan inaktiveras.