Stiftelser är som huvudregel skattskyldiga för fastighetsinkomster, men i vissa fall kan inkomsterna undantas från beskattning. Beskattningen påverkas bland annat av vilken typ av fastighet det är och om stiftelsen är inskränkt eller oinskränkt skattskyldig.
Innehav av fastighet är för en juridisk person alltid näringsverksamhet enligt huvudregeln i 13 kap. 1 § IL.
Stiftelser är som huvudregel skattskyldiga för fastighetsinkomster (6 kap. 4 § IL).
Från huvudregeln finns ett undantag för inskränkt skattskyldiga stiftelser. Fastighetsinkomster kan i vissa fall undantas från beskattning om fastigheten används i allmännyttig verksamhet (7 kap. 21 § IL). Exempel på en fastighet som används i allmännyttig verksamhet är en stiftelse som har social hjälpverksamhet till ändamål och bedriver verksamheten i en egen fastighet. En fastighet kan även användas delvis kommersiellt och delvis i en allmännyttig verksamhet.
I 7 kap. 21 § IL behandlas ägare av fastigheter som avses i 3 kap. 4 § FTL. Kravet i fastighetstaxeringslagen för skattefrihet från fastighetsskatt och fastighetsavgift är att fastigheten ägs av någon av vissa uppräknade institutioner och att fastigheten till övervägande del används i deras verksamhet som sådan. De ägare som avses är bland andra:
En stiftelse som äger fastighet som används i den allmännyttiga verksamheten, är inte skattskyldig för inkomster av fastigheten i den mån fastigheten används i deras ändamålsenliga allmännyttiga verksamhet. Skattefriheten förutsätter att fastigheten till minst övervägande del används för allmännyttig verksamhet. (7 kap. 21 § IL) Med övervägande del avses mer än hälften (prop. 1999/2000:2, del 1, s. 505).
Inkomster från annan användning av egen fastighet är skattepliktiga enligt huvudregeln (13 kap. 1 § IL).
Stiftelser som uppräknas i 3 kap. 4 § FTL kan i egenskap av ägare till där nämnda fastigheter vara undantagna från skattskyldighet till fastighetsskatt och för vissa fastighetsinkomster. För dessa fastigheter fastställs inte något fastighetstaxeringsvärde. Fastighetstaxeringen grundas på förhållandena vid årets ingång. Eftersom dessa förhållanden i vissa fall kan ha grundats på felaktiga förutsättningar, anses fastighetstaxeringen inte ovillkorligt styra inkomstbeskattningen av fastigheten. I fråga om skatte- och avgiftsplikten är det karaktären på fastigheten enligt 3 kap. FTL som avgör och inte den faktiska taxeringen (RÅ 1993 ref. 36). För att en fastighet ska fastighetstaxeras jämlikt 3 kap. 4 § FTL krävs dels att den ägs av en sådan juridisk person som anges i lagrummet dels att den till övervägande del används i ägarens allmännyttiga verksamhet.
Bestämmelsen i 3 kap. 4 § FTL kan tillämpas på byggnad, samt tomtmark och övrig mark som hör till byggnaden samt markanläggning som hör till fastigheten. Bestämmelsen är inte tillämplig på fastighet som vid fastighetstaxering indelats på annat sätt än den i 3 kap. 4 § FTL angivna. Detta innebär att regeln inte omfattar t.ex. egendomar som klassificeras som lantbruksenhet vid fastighetstaxeringen.