Rätt till återbetalning av ingående skatt finns i vissa fall.
Rätt till återbetalning av ingående skatt kan under vissa förutsättningar finnas för beskattningsbara personer som inte är etablerade i Sverige, hjälporganisationer och utländska beskickningar m.fl.
EU:s bestämmelser om återbetalning i dessa fall finns i rådets direktiv 2008/9/EG och rådets trettonde direktiv (86/560/EEG) samt bland annat i artikel 146.1 c, 146.2, 151.1 a, 151.1 aa, 151.1 b, 151.2, 170 och 171 i mervärdesskattedirektivet.
Beskattningsbara personer etablerade här, har normalt möjlighet att via den svenska elektroniska portalen ansöka om återbetalning av utländsk mervärdesskatt hos respektive utländsk skattemyndighet som finns i ett annat EU-land. Återbetalning av utländsk mervärdesskatt från en skattemyndighet i ett land utanför EU, kan också vara möjlig. Den beskattningsbara personen får dock kontakta den aktuella skattemyndigheten för ytterligare information kring det eventuella återbetalningsförfarandet.
Den systematiska strukturen i ML medför att vissa transaktioner skulle kunna omfattas av både avdragsrätt och återbetalningsrätt. Därför finns en bestämmelse som skiljer avdragsrätt från återbetalningsrätt (prop. 2022/23:46 s. 314). Beskattningsbara personer som omfattas av bestämmelserna om återbetalning av ingående skatt i 14 kap. 7–9 §§ ML eller 14 kap. 36–37 §§ ML har inte rätt till avdrag för ingående skatt enligt 13 kap. 6 § ML eller någon av 13 kap. 8–11 §§ ML (13 kap. 12 § ML).
En beskattningsbar person som redovisar mervärdesskatt enligt särskilda ordningar i 22 kap. ML har återbetalningsrätt i stället för rätt till avdrag för ingående skatt (22 kap. 63 och 64 §§ ML).
En beskattningsbar person som redovisar mervärdesskatt enligt motsvarande bestämmelser om särskilda ordningar i ett annat EU-land, har återbetalningsrätt i stället för rätt till avdrag för ingående skatt (22 kap. 63 och 64 § ML).
En beskattningsbar person etablerad i Sverige, men som inte är eller ska vara registrerad för mervärdesskatt enligt 7 kap. 1 § SFL, omfattas normalt också av dessa bestämmelser (jfr prop. 2019/20:122 s. 83 och 88).
Återbetalningsrätt enligt ovanstående gäller dock inte den som är eller ska vara registrerad för mervärdesskatt i Sverige enligt SFL för annan verksamhet än den som omfattas av den särskilda ordningen. Bestämmelserna om rätt till avdrag ska i stället tillämpas (22 kap. 65 § ML).
Enligt GML gällde att den som inte var skattskyldig till mervärdesskatt saknade rätt till avdrag för ingående skatt i enlighet med bestämmelserna i 8 kap. GML. I stället kunde den som bedrev en verksamhet i vilken omsättningen inte medförde skattskyldighet i vissa fall ha rätt till återbetalning av ingående skatt. Det gällde bl.a. exportföretag och företag som hade omsättning som var s.k. kvalificerat undantagen från skatteplikt. I gällande ML har dessa företag avdragsrätt i stället för återbetalningsrätt. Uppdelningen mellan avdragsrätt och återbetalningsrätt i ML ska som utgångspunkt göras utifrån var den beskattningsbara personen är etablerad (prop. 2022/23:46 s. 290).
Då avdragsrätten för ingående skatt kopplas till egenskapen beskattningsbar person innebär det att avdragsrätten i en nystartad ekonomisk verksamhet kommer att bedömas i enlighet med huvudregeln för avdragsrättens omfattning (13 kap. 6 § ML) och mot bakgrund av EU-domstolens rättspraxis på området. Härigenom och genom att huvudregeln för avdragsrättens omfattning är utformad i nära anslutning till mervärdesskattedirektivets lydelse i artikel 168 uppnås i ML en formell överensstämmelse med direktivet i fråga om avdragsrätt i en nystartad ekonomisk verksamhet (prop. 2022/23:46 s. 296). Därför finns i ML ingen motsvarighet till 10 kap. 9 § GML.