Beslut om kompensation, tillkommande kompensation och återkrav samt avslag på anståndsansökan kan överklagas. Det ska ske skriftligen inom tre veckor från att mottagaren tagit del av beslutet. Skatteverket ska pröva om överklagandet kommit in inom den tiden. Är överklagandet för sent ska det avvisas. Annars ska det snarast överlämnas till förvaltningsrätten.
Det saknas egna överklagandebestämmelser i kompensationslagen och kompensationsförordningen, förutom ett överklagandeförbud. Båda författningarna upplyser endast om att det i 40 § FL finns bestämmelser om överklagande till allmän förvaltningsdomstol (23 § första stycket kompensationslagen respektive 12 § kompensationsförordningen). Hänvisningen till förvaltningslagen och att det saknas andra särbestämmelser i kompensationsförfattningarna innebär att förvaltningslagens regelverk kring överklagande gäller i övrigt (4 § FL).
Alla beslut som Skatteverket kan tänkas fatta i ärenden om kompensation är inte överklagbara. Endast förvaltningsbeslut som kan antas påverka någons situation på ett inte obetydligt sätt är överklagbara (41 § FL). Beslut om kompensation, tillkommande kompensation och beslut om återkrav stämmer in på det kriteriet och är därmed överklagbara.
Skatteverkets beslut att helt eller delvis avslå en ansökan om anstånd enligt 12 § första stycket kompensationslagen är också överklagbara.
För beslut om anstånd som är till fördel för det allmänna enligt 12 § andra stycket kompensationslagen gäller dock ett överklagandeförbud (23 § andra stycket kompensationslagen).
De tre varianterna på beslut om kompensation samt överklagbara beslut i anståndsfrågor har en överklagandetid på tre veckor från den dag då kompensationsmottagaren fick del av beslutet (44 § FL).
Ett ytterligare krav på överklagbarhet är att beslutet inte gått den enskilda emot, s.k. kontraritet. Vid handläggning av ärenden om kompensation är det osäkert om en beviljad kompensation eller en tillkommande kompensation verkligen kan sägas gått den enskilda emot. Det är alltså endast beslut som går den enskilda emot som behöver ha med en överklagandehänvisning (33 § andra stycket FL). I tveksamma fall ska en överklagandehänvisning lämnas (prop. 2016/17:180 s. 324). Det är domstolen som avgör om beslutet är överklagbart.
Ett överklagande av ett beslut ska göras skriftligt till förvaltningsrätten men lämnas in till Skatteverket. I överklagandet ska den som överklagar ange vilket beslut som överklagas och på vilket sätt beslutet ska ändras. I 3 och 4 §§ FPL finns ytterligare bestämmelser om vad ett överklagande ska innehålla (jfr 43 § FL).
Skatteverket ska vidta de åtgärder efter ett överklagande som följer av förvaltningslagen (45–46 §§ FL). Något obligatoriskt omprövningsbeslut ska inte fattas såsom inom skatteförfarandet.
Skatteverket ska göra en prövning av om överklagandet har kommit in i rätt tid. Om överklagandet har kommit in för sent, ska det avvisas. Ett avvisningsbeslut ska förses med en överklagandehänvisning (33 § andra stycket FL).
Genom bestämmelsen i 8 § kompensationslagen om tillkommande kompensation, är 38 § FL om ändring till fördel för enskilda sällan tillämpligt.
Däremot kan 38 § FL bli tillämpligt för ansökningar om anstånd som avslagits helt eller delvis. Om en ändring görs ska överklagandet ändå överlämnas till förvaltningsrätten. Överklagandet omfattar då det nya anståndsbeslutet (46 § andra stycket FL).
Vilken förvaltningsrätt som ska döma i målet följer av 14 § andra stycket LAFD, d.v.s. den förvaltningsrätt inom vars domkrets kompensationsärendet först prövats.
Bestämmelsen har tolkats så att det är den beslutande ”arbetsenhetens” placering som blir avgörande när det gäller att bestämma vilken förvaltningsrätt som ska pröva ett överklagande (prop. 2002/03:99 s. 257 f.).
Vilka förvaltningsrätter som finns, deras domkretsar och på vilka orter kanslierna ska vara belägna framgår av 5 § förordningen (1977:937) om allmänna förvaltningsdomstolars behörighet m.m.
Beslut som har fattats automatiserat anses vara fattade i Sundbyberg och ska därför överlämnas till Förvaltningsrätten i Stockholm.
Prövningstillstånd krävs vid överklagande till kammarrätten (40 § andra stycket FL).