Den som är föremål för kontroll kan begära undantag av handlingar från granskning. Det är domstolen som ska fatta beslut om undantagande ska ske eller inte. Det finns bl.a. särskilda regler om hur handlingarna ska överlämnas till domstolen.
En handling som inte får granskas ska på begäran av den som är föremål för revision, bevissäkring, tillsyn över kassaregister eller kontrollbesök undantas från kontrollen (47 kap. 3 § SFL). Det framgår av bestämmelsen att det är den som är föremål för de kontroller som räknas upp som kan begära undantag av handling (prop. 2010/11:165 s. 923).
Med den som är föremål för angivna kontroller avses närmare bestämt
Även den som föreläggs inom ramen för ovan nämnda kontroller kan begära undantag av handling. Däremot omfattas inte förelägganden som sker utanför revision, bevissäkring, tillsyn eller kontrollbesök. Se i dessa fall Undantag av uppgifter från föreläggande.
Vilka handlingar som inte får granskas framgår av 47 kap. 2 § SFL.
En begäran om undantag av handling ställs till förvaltningsrätten. Det är den förvaltningsrätt som är behörig att pröva ett överklagande från den som ärendet gäller som är den domstol som fattar beslut i ärende om undantag av handling (47 kap. 4 § första stycket SFL). Bestämmelser om vilken förvaltningsrätt som prövar ett överklagande finns i 67 kap. 7–9 §§ SFL.
Den handling som begäran avser ska lämnas in till förvaltningsrätten. Om Skatteverket redan har handlingen, ska verket omedelbart försegla handlingen och överlämna den till förvaltningsrätten (47 kap. 4 § andra stycket SFL).
Om den kontrollerade anser att en handling ska undantas och därför inte vill lämna över handlingen till Skatteverket så kan den reviderade istället lämna in handlingen till förvaltningsrätten i samband med en begäran om undantag (jfr prop. 2010/11:165 s. 923–924).
Avgörande för vem som ska lämna in handlingen till domstolen är vem som faktiskt har handlingen. Det innebär att om en enskild begär undantag för en handling som Skatteverket redan har ska Skatteverket omedelbart försegla handlingen och överlämna den till förvaltningsrätten (prop. 2010/11:165 s. 924)
Om en handling begärs undantagen i samband med en bevissäkring så ska granskningsledaren försegla handlingen och överlämna den till domstolen , förutsatt att granskningsledaren bedömer att handlingen ska granskas. (jfr prop. 2010/11:165 s. 924).
En försegling kan göras genom att handlingen läggs i ett kuvert eller i en påse eller liknade som sedan försluts och sänds eller lämnas till den förvaltningsrätt som ska pröva ärendet.
Om ett mål om undantag av uppgifter eller handlingar från kontroll avser uppgifter i en sådan upptagning som avses i 3 kap. 9 § SFL så bestämmer domstolen i vilken form eller på vilket sätt upptagningen ska tillhandahållas i målet (12 kap. 1 § SFF).
Bestämmelsen har tillkommit för att domstolen ska kunna kräva att handlingen tillhandahålls i en form som förvaltningsrätten kan ta del av. Om domstolen får in en handling som de saknar tekniska hjälpmedel för att läsa kan den bestämma att den enskilde ska ge in handlingen i en form som domstolen kan läsa (prop. 2010/11:165 s. 925).
Redan av allmänna principer följer att mål och ärenden ska handläggas utan onödiga dröjsmål och avgöras så snart som möjligt. Därför finns det inte någon särskild bestämmelse i SFL om att mål om undantagande av handling ska handläggas skyndsamt (prop. 2010/11:165 s. 924).
Om en uppgift i en upptagning som bara kan läsas, avlyssnas eller uppfattas med tekniska hjälpmedel (3 kap. 9 § SFL) ska undantas, får förvaltningsrätten besluta om begränsningar i rätten att använda tekniska hjälpmedel. Skatteverkets användning av tekniska hjälpmedel och sökbegrepp begränsas då så att uppgiften inte ska bli tillgänglig för Skatteverket (47 kap. 5 § SFL).
Bestämmelsen gäller för mål som avser undantagande av uppgifter från såväl revision som föreläggande, bevissäkring, tillsyn över kassaregister samt kontrollbesök (prop. 2010/11:165 s. 925).
Vid en begäran om undantag sänds normalt handlingarna till domstolen i samband med begäran. Domstolen kommer då ha möjlighet att gå igenom handlingarna och får på så vis ett ökat ansvar för att frågorna blir så allsidigt belysta som möjligt utan att uppgifterna i handlingarna blir kända under handläggningen (prop. 1993/94:151 s. 99).
Om den som vill att en uppgift eller en handling ska undantas från kontroll begär det, ska förvaltningsrätten pröva om ett beslut om undantag kan fattas utan att rätten granskar handlingen (47 kap. 6 § SFL).
Vid en kontroll så är utgångspunkten att alla handlingar som rör verksamheten får granskas. Reglerna i 47 kap. SFL om undantagande av handlingar är just undantagsregler. Bevisbördan för att förutsättningarna för ett undantagande är uppfyllda ligger hos den som granskas. Det är naturligt att den kontrollerade har bevisbördan för detta då denne är den som kan veta vilka handlingar som kan komma ifråga för undantagande och på vilken grund. Skatteverket kan av naturliga skäl endast kunna argumentera på ett mer principiellt plan (jfr prop. 1993/94:151 s. 99).
Om den som kontrolleras och Skatteverket har olika uppfattningar om vad som omfattas av reglerna om undantag kan det i vissa fall lösas utan att ärendet går till domstol. Det kan ske genom att Skatteverket och den kontrollerade kommer överens, t.ex. om att bara delar av handlingen granskas.
Om förvaltningsrätten beslutar att undanta en uppgift eller en handling från kontroll får Skatteverket inte återge eller åberopa innehållet i uppgiften eller handlingen (47 kap. 7 § SFL).
Det innebär att en begäran i efterhand inte är poänglös eftersom ett bifall till begäran innebär att innehållet i handlingen varken får återges eller åberopas. Om den enskilde däremot inte har lämnat över någon handling och Skatteverket inte heller på annat sätt har fått tillgång till handlingen ska den enskilde lämna in handlingen till förvaltningsrätten (prop. 2010/11:165 s. 924).
Om Skatteverket har tagit kopior av de handlingar som har undantagits av domstolen så ska Skatteverket förstöra dem.
Domstolens beslut om undantagande av handling överklagas med stöd av bestämmelserna i 67 kap. SFL. Tiden för ett sådant överklagande framgår av 67 kap. 28 § SFL.
Ett beslut enligt SFL gäller omedelbart (68 kap. 1 § SFL). Det innebär bl.a. att om domstolen beslutar att handlingarna inte ska undantas så kan Skatteverket granska handlingarna även om domstolens beslut överklagas. Om domstolens beslut i stället går Skatteverket emot så finns det en risk att verkets eventuella överklagande mister sin praktiska betydelse då det i vissa ärenden om bevissäkring kan förekomma en sabotagerisk (att känsliga uppgifter och handlingar förstörs).
Domstolen kan bestämma att ett beslut om undantag av en handling inte ska gälla omedelbart utan att laga kraft ska inväntas (68 kap. 3 § 3 SFL). Om beslutet går Skatteverket emot bör verket yrka hos förvaltningsrätten att handlingarna ska återlämnas först sedan beslutet vunnit laga kraft. Ett annat alternativ är att begära inhibition.
Om domstolen beslutar att inte undanta handlingen har Skatteverket normalt rätt att ta del av den omedelbart. Om den kontrollerade inte lämnar över handlingarna så kan verket vända sig till domstolen för att ta del av handlingen där eller låna akten.