Samtliga stiftelser är skyldiga att ansöka om organisationsnummer.
Från och med den 1 januari 2010 ska samtliga stiftelser ha ett organisationsnummer enligt lagen (1974:174) om identitetsbeteckning för juridiska personer m.fl. (10 kap. 1 § SL, jfr övp. 8 till SFS 2009:244).
För stiftelser är det numera obligatoriskt med organisationsnummer. Eftersom länsstyrelserna för ett stiftelseregister är lagstiftarens önskemål att även tilldelningen av organisationsnummer i framtiden ska hanteras av länsstyrelserna (prop. 2008/09:84 s. 33). Det är inte bestämt när övergången ska ske. Tills vidare ansöker man om organisationsnummer hos Skatteverket.
En stiftelse kan överklaga Skatteverkets beslut om organisationsnummer till förvaltningsrätten. För att överklaga till kammarrätt krävs prövningstillstånd. (6 § lagen (1974:174) om identitetsbeteckning för juridiska personer m.fl.)
Ett organisationsnummer som registrerats för en stiftelse kvarstår även efter att stiftelsen upphör. Om en stiftelse upphör bör man anmäla detta till Skatteverket för inaktivering av organisationsnumret i Skatteverkets databas.
Läs mer om vad som konstituerar en stiftelse i stiftelselagen och tryggandelagen.