Enligt huvudregeln registreras belopp som ska betalas (debiteras skattekontot) på förfallodagen. Vilka förfallodagarna är framgår av bestämmelserna i 62 kap. 3 § SFL. Belopp som ska tillgodoföras (krediteras) skattekontot registreras så snart det finns underlag. Huvudregeln innebär t.ex. att det skatteavdrag en arbetsgivare gjort och som arbetsgivaren redovisar i en arbetsgivardeklaration debiteras på skattekontot på arbetsgivardeklarationens förfallodag. Arbetsgivarens inbetalning krediterar skattekontot så fort inbetalningen är avstämd, d.v.s. när det finns underlag.
Omprövningsbeslut som innebär att en skatt eller avgift sätts ned krediteras på skattekontot den dag beslutet fattas. Det är den dagen det finns underlag för att tillgodoföra den skattskyldige beloppet.
Ett omprövningsbeslut som innebär att en skatt eller avgift höjs debiterar inte skattekontot omedelbart utan registreras i ett bevakningsregister när omprövningen görs. Bevakningsregistret benämns bevakningstransaktioner i skattekontot och omprövningsbeslutet ligger där i avvaktan på beslutets förfallodag. Beslutet bevakas maskinellt till förfallodagen så att ingen utbetalning görs av ett belopp som motsvarar den höjda skatten eller avgiften. Eftersom beslutad men inte förfallen F-skatt och särskild A-skatt inte utgör hinder mot återbetalning debiteras inte dessa belopp skattekontot förrän på förfallodagen (62 kap. 4 § och 64 kap. 4 § SFL).
Om anstånd med betalning av skatt eller avgift har medgetts före skattens eller avgiftens förfallodag krediteras anståndet på skattekontot på skattens eller avgiftens förfallodag (61 kap. 3 § SFL).
När anståndet krediteras skattekontot samtidigt som skatten eller avgiften förfaller till betalning hålls anståndet ihop med det skattekrav som anståndet medgivits för.
Syftet med bestämmelsen är att undvika så kallade skattebyten. Med skattebyte menas att en kreditering på skattekontot, exempelvis ett anstånd, räknas av mot en annan skatt eller avgift som ska betalas än den skatt eller avgift som anståndet var tänkt för. Läs mer om skattebyten under avräkning inom ett skattekonto.
Om överskjutande ingående mervärdesskatt eller överskjutande punktskatt redovisas efter redovisningsperiodens utgång men före den månad då redovisningen senast ska lämnas ska den registreras den 12, i januari den 17, i den månad skatten redovisas. Överskjutande skatt som redovisas senare ska registreras den dag då redovisningen senast ska lämnas (61 kap.4 § SFL).
Enligt lag (2013:1068) om ändring i skatteförfarandelagen, 2011:1244, (SFL) har 61 kap. 4 § SFL ändrats så att företag med beskattningsunderlag som exklusive unionsinterna förvärv och import beräknas sammanlagt överstiga 40 miljoner kronor för beskattningsåret hamnat i en sämre situation än andra företag som redovisar överskjutande ingående mervärdesskatt. Det är Skatteverkets bedömning att det inte har varit lagstiftarens avsikt att försämra för de större företagen. Skatteverket väljer därför att tillämpa paragrafen så att dessa företag inte hamnar i en sämre situation än tidigare på grund av den nya lydelsen. Skatteverket anser att överskjutande ingående mervärdesskatt som redovisas i månaden efter redovisningsperiodens utgång ska tillgodoföras (registreras på) skattekontot den 12, i januari den 17, i den månad då skatten redovisas. Överskjutande ingående mervärdesskatt som redovisas efter den månad som redovisningen senast ska lämnas registreras på skattekontot den dag redovisningen senast skulle ha lämnats.
Genom denna tillämpning av paragrafen kan större företag (företag med beskattningsunderlag som exklusive unionsinterna förvärv och import sammanlagt överstiger 40 miljoner kronor) som normalt lämnar skattedeklaration senast den 26 i månaden men ska betala skatteavdragen och arbetsgivaravgifter redan den 12, i januari den 17, i samma månad, undvika att kostnadsränta beräknas från och med den 13 (i januari den 18) till och med den 26. Detta genom att den redovisade överskjutande mervärdesskatten kan användas för betala skatteavdrag och arbetsgivaravgifter med förfallodag den 12 (i januari den 17) i samma månad (prop. 2010/11:165 s. 1015).
När den slutliga skatten har bestämts ska Skatteverket alltid göra en slutskatteberäkning. Tidpunkten för registrering på skattekontot beror på resultatet av slutskatteberäkningen som görs enligt 56 kap. 9 § SFL. Om den skattskyldige ska betala skatt ska skattekontot debiteras på förfallodagen enligt 62 kap. 8 SFL. Om slutskatteberäkningen resulterar i ett överskott debiteras skattekontot omedelbart med den slutliga skatten och krediteras avräkningsposterna. Slutlig skatt och belopp som ska dras ifrån eller läggas till slutlig skatt enligt 56 kap. 9 § SFL ska registreras samtidigt på skattekontot (61 kap. 5 § SFL).
Om skattekontot har ett överskott som överstiger den slutliga skatten som ska betalas debiteras slutskatten omedelbart efter slutskatteberäkningen (61 kap. 6 § SFL). Detta medför att en skattskyldig som gjort en egen inbetalning kan få tillbaka det belopp som inte behövs till slutskatten snabbare.
Detta förutsätter att
Om kontohavaren har skatter eller avgifter som förfaller till betalning före den slutliga skatten ska debiteringen av slutlig skatt ske på förfallodagen trots att skattekontot visar överskott som täcker den slutliga skatten. Detta för att undvika att en inbetalning som har krediterats skattekontot för att betala en annan skatt eller avgift än den slutliga skatten tas i anspråk för den slutliga skatten.