Skatteverkets verksamhet och dess ledning styrs genom bestämmelser i myndighetsförordningen och förordningen med instruktion för Skatteverket. Det finns också EU-förordningar som styr verksamheten.
I myndighetsförordningen (2007:515) finns regler som gäller för förvaltningsmyndigheter under regeringen. Förordningen reglerar Skatteverkets ledning och handläggningen av ärenden.
I förordningen (2017:154) med instruktion för Skatteverket finns bestämmelser om hur Skatteverket ska vara organiserat och vilka uppgifter som myndigheten ansvarar för.
Skatteverket har även en arbetsordning där det bl.a. framgår hur myndigheten är organiserad, arbetsfördelningen inom myndigheten, hur ärenden handläggs m.m.
En mer detaljerad beskrivning av myndighetens arbetsuppgifter och fördelning av handläggningsansvar och beslutsbefogenheter på olika tjänstemän framgår i handläggningsordningen. Varje avdelning inom Skatteverket har en egen handläggningsordning.
EU-förordningen (2018/1724) om inrättande och drift av gemensam digital ingång innebär att myndigheter ska ge både privatpersoner och företag rätt till
Genomförandet sker i etapper med start december 2020 och ska vara infört under december 2023. Från december 2020 ska det finnas information om bland annat om vilka lagar, rättigheter och skyldigheter som gäller om du vill starta företag eller flytta till ett annat EU-land. Det ska också finnas information och kontaktvägar för hjälp och support.
Från december 2023 ska digitala tjänster finnas tillgängliga för att utföra ärenden och fungera gränsöverskridande mellan EU:s medlemsstater.
I Sverige är det Myndigheten för digital förvaltning (Digg) som är nationell samordnare för den gemensamma digitala ingången.
I EU-förordningen (910/2014) om elektronisk identifiering för fysiska och juridiska personer (eIDAS) finns regler som innebär att det är obligatoriskt för offentliga e-tjänster att tillåta inloggning även med andra medlemsstaters e-legitimationer. Norge, Island och Liechtenstein ingår också i regelverket.
Styrelsen utses av regeringen och är Skatteverkets högsta beslutande organ. Styrelsen ansvarar inför regeringen för Skatteverkets verksamhet. Generaldirektören ingår i styrelsen och ansvarar för den löpande verksamheten i enlighet med styrelsens direktiv och riktlinjer.