När skattskyldigheten inträder beror bland annat på vid vilken tidpunkt avfallet förs in till eller uppkommer på anläggningen.
För avfall som förs in till en sådan anläggning som avses i 1 § första stycket LSA, s.k. konventionell avfallsanläggning, inträder skyldigheten att betala skatt när avfallet förs in till anläggningen (8 § 1 LSA).
Om avfall flyttas från en skattepliktig avfallsanläggning till en annan skattepliktig avfallsanläggning inträder skattskyldigheten när aktuellt avfall förs in till den andra avfallsanläggningen. Att avfallet tidigare varit deponerat på en annan anläggning, där det deponerats innan LSA trädde i kraft, medför inte någon annan bedömning. Detta har uttalats av Skatterättsnämnden i ett förhandsbesked, som fastställts av Högsta förvaltningsdomstolen (RÅ 2002 ref 38).
För avfall som uppkommer inom en sådan anläggning som avses i 1 § andra stycket LSA, här kallad industrianläggning, inträder skyldigheten att betala skatt när avfallet uppkommer inom anläggningen (8 § 2 LSA).
Skatteverket anser att avfall uppkommer när det inte längre är under process. I normalfallet uppkommer avfall när det placeras på en särskild plats inom anläggningen för att deponeras där. Om avfall exempelvis transporteras i ett rör, uppkommer avfallet inte förrän avfallet lämnar röret för att deponeras eller förvaras under längre tid än tre år. Först då inträder skattskyldigheten. Ett skäl till Skatteverkets uppfattning är att det i princip kommer att råda konkurrensneutralitet mellan industrier som anlitar avfallsanläggningar för att hantera avfallet och anläggningar som har egen deponi, vad gäller tidpunkten för när skattskyldigheten inträder.
När det gäller aska som uppkommer och därefter väts inom en industrianläggning enligt 1 § andra stycket LSA inträder skattskyldigheten redan när den torra askan uppkommer (jfr prop. 2001/02:29 s. 24 f). Den som är skattskyldig ska alltså beräkna avfallsskatt på askan i torrt tillstånd innan man har tillsatt vatten.
Även Skatterättsnämnden har ansett att skattskyldigheten inträder redan när den torra askan uppkommer (SRN 2001-03-07).
När det gäller rester som uppstår efter en genomförd behandlingsåtgärd enligt 6 § tredje stycket LSA, inträder skattskyldigheten när åtgärden har slutförts (8 § 3 LSA). De behandlingsåtgärder som avses är kompostering, reaktorbaserad rötning, förbränning, brikettering samt avvattning och rening av flytande avfall.
Kompostering och reaktorrötning slutförs vanligen i och med att verksamhetsutövaren avyttrar de jordmassor, den rötrest eller den metangas som uppstår (prop. 1998/99:84 s. 114).