Vid skalbolagsbeskattning ska köpeskillingen tas upp som kapitalvinst.
Om en avyttrad delägarrätt hänför sig till ett skalbolag, eller om det sker ett återköp, ska ersättningen tas upp som en kapitalvinst (skalbolagsbeskattning) det beskattningsår då delägarrätten avyttrades (25 a kap. 9 § första stycket IL).
Ett företag som köpt andelar för 1 mnkr och som sedan säljer dem för 400 000 får en förlust på 600 000 kr. Hela köpeskillingen, ersättningen på 400 000 kr, ska tas upp som kapitalvinst och beskattas, vilket innebär att avdrag varken medges för omkostnadsbelopp eller för utgifter för avyttringen. Anledningen till denna hårda beskattning är att regeln ska fungera som en stopplagstiftning. Även om en försäljning av ett dotterbolag sker med förlust, och dotterbolaget tekniskt sett är ett skalbolag, kan skalbolagsbeskattning alltså komma att ske.
Eftersom hela ersättningen ska tas upp som kapitalvinst har det säljande företaget, enligt Skatteverkets uppfattning, rätt att utnyttja kapitalförluster på andelar m.m. inom den s.k. aktiefållan, och kvitta dessa mot kapitalvinsten från skalbolagsförsäljningen. Företaget har också rätt att kvitta kapitalvinsten mot underskott i den bedrivna näringsverksamheten.
Som huvudregeln är formulerad kan en underprisöverlåtelse av näringsbetingade andelar komma att påverkas av skalbolagsregeln, även om skalbolaget bedriver en betydande verksamhet med stora anläggningstillgångar, men har små likvida tillgångar relativt sett. Anledningen till detta är att man bara jämför köpeskillingen med de likvida tillgångarna (andra tillgångar är ointressanta i detta sammanhang). Om det sålda bolaget exempelvis har 1,1 mnkr i likvida medel och 10 mnkr i övriga tillgångar och köpeskillingen uppgår till 2 mnkr, då är det ett skalbolag. Normalt är dock den s.k. ventilen tillämplig i ett sådant fall.
Skattekonsekvensen av att en andelsöverlåtelse av onoterade näringsbetingade andelar görs till underpris kan bli mer långtgående än själva skalbolagsbeskattningen för det avyttrande företaget.
Eftersom bestämmelserna om underprisöverlåtelser (23 kap. 2 § andra stycket IL) inte är tillämpliga vid skalbolagstransaktioner kommer sannolikt även uttagsbeskattning enligt bestämmelserna i 22 kap. IL att aktualiseras. Uttagsbeskattning ska ju normalt ske när underprisreglerna inte är tillämpliga. Uttagsbeskattning bör i dessa fall främst bli aktuellt när det är fråga om återköp.