Det finns några undantag från skattskyldighetens inträde för den som godkänts som lagerhållare.
I vissa fall inträder inte skattskyldigheten för den som är godkänd lagerhållare (10 kap. 14 § LTS). Detta innebär att varor för vilka skattskyldigheten skulle ha inträtt enligt 10 kap. 13 § 2 LTS ändå inte ska beskattas om något av undantagen i bestämmelsen är tillämpligt.
Skattskyldigheten för en godkänd lagerhållare inträder enligt 10 kap. 14 § LTS inte för en skattepliktig vara som antingen
Snus, tuggtobak eller övrig tobak som förstörts under tillsyn av Skatteverket undantas från skattskyldighet (10 kap. 14 § 1 LTS). Av förarbetena framgår att bestämmelsen t.ex. är tillämplig på restprodukter som uppkommer vid tillverkningen och som inte går att sälja men som fortfarande är skattepliktiga produkter. Genom bestämmelsen har lagerhållaren möjlighet att förstöra skattepliktiga restprodukter eller andra skattepliktiga produkter utan att det utlöser skattskyldighet (jfr. prop. 2020/21:112 s. 50 och s.80). Förarbetsuttalandena avser 39 a § 1 tidigare LTS som numera motsvaras av 10 kap. 14 § 2 LTS (jfr prop. 2021/22:61 s. 397).
Vad som krävs för att varorna ska anses ha förstörts under tillsyn av Skatteverket framgår av Skatteverkets föreskrifter (SKVFS 2022:13). Av föreskrifterna framgår bl.a.
Har kraven i föreskrifterna iakttagits anses varorna ha förstörts under tillsyn av Skatteverket vilket innebär att varorna undantas från beskattning.
Snus, tuggtobak eller övrig tobak som en godkänd lagerhållare har tagit i anspråk för tillverkning av skattepliktiga tobaksvaror undantas från skattskyldighet (10 kap. 14 § 2 LTS). Bestämmelsen avser situationer då lagerhållaren tar i anspråk snus, tuggtobak eller övrig tobak genom att omarbeta varorna till andra skattepliktiga tobaksvaror och där skattskyldigheten normalt inträder enligt 10 kap. 13 § 2 LTS, d.v.s. att varorna används för att ett annat ändamål än försäljning. Genom bestämmelsen undviks dubbelbeskattning. De nya skattepliktiga varorna som tillverkas kommer att beskattas då skattskyldigheten inträder för dessa varor (jfr prop. 2020/2021:112 s. 47 och prop. 2021/22:61 s. 397).
Snus, tuggtobak eller övrig tobak som uteslutande använts för provning av varornas kvalitet undantas från skattskyldighet (10 kap. 14 § 3 LTS). Av förarbetena framgår bl.a. att för att ett undantag ska vara tillämpligt krävs att det är fråga om provtagning och analys av tobaksvaror, antingen när de håller på att tillverkas eller när de är färdiga. Provtagningen ska inskränka sig till att avse exempelvis stickprov i syfte att kontrollera att varor inte är defekta eller nödvändiga produktionsprov eller nödvändiga analysprov av nya varor. Provtagning eller tester som sker i syfte att avgöra vad konsumenter eller andra kan tänkas ha för åsikter eller preferenser i fråga om smak, doft, utseende eller liknande ger inte en rätt till undantag. För att kunna styrka rätten till undantag från skattskyldighet krävs någon form av bevis i form av uppgifter i bokföring, analysprotokoll eller liknande (jfr prop. 2020/21:112 s. 80 f.). Förarbetsuttalandena avser 39 a § 3 i tidigare LTS. Bestämmelsen motsvaras numera av 10 kap. 14 § 3 LTS (jfr prop. 2021/22:61 s. 397).