Skatteverket har möjlighet att hindra återbetalning av överskjutande ingående mervärdesskatt och överskjutande punktskatt under tiden den redovisade skatten utreds.
Läs också om förtidsåterbetalning av mervärdesskatt och punktskatt.
Överskjutande ingående mervärdesskatt och överskjutande punktskatt är pengar som den skattskyldiga normalt ska få tillbaka skyndsamt. Skatteverket ska betala ut beloppet senast vid utgången av kalendermånaden efter den månad då skattedeklarationen för en viss redovisningsperiod ska lämnas. Om deklarationen lämnas för sent ska Skatteverket betala ut pengarna senast vid utgången av månaden efter den månad då deklarationen kom in (14 kap. 7 § första stycket SFF).
Skatteverket kan dock besluta att skjuta upp återbetalningen för att genomföra ytterligare utredning. Beslutet ska meddelas skattebetalaren inom samma tidsperiod som tidsperioden för återbetalning som anges i stycket ovan (14 kap. 7 § andra stycket SFF). Beslutet innebär att ett belopp motsvarande den redovisade överskjutande ingående mervärdesskatten fortsätter att hindras (spärras) för utbetalning på skattekontot.
EU-domstolen har i dom den 14 maj 2020 i mål C‑446/18, Agrobet, prövat tolkningen av artiklarna 179, 183 och 273 i direktiv 2006/112/ (mervärdesskattedirektivet).
Agrobet lämnade in två mervärdesskattedeklarationer med överskjutande mervärdesskatt. Skattemyndigheten i Tjeckien inledde kontroll och innehöll hela den överskjutande skatten. Bolaget väckte talan och anförde att skattemyndighetens tvivel endast rörde en liten del av den överskjutande mervärdesskatten. Därför ansåg bolaget innehållandet av hela överskjutande skatten för flera beskattningsperioder oproportionerligt betungande. Bolaget begärde återbetalning av de otvistiga delarna. Myndigheten avslog begäran. Den bedömningen stod sig även i den nationella domstolen.
EU-domstolen konstaterade att artiklarna 179, 183 och 273 i mervärdesskattedirektivet inte hindrar nationell lagstiftning som inte ger möjlighet för skattemyndigheten att, före utgången av ett skattekontrollsförfarande av en mervärdesskattedeklaration med ett överskjutande belopp, bevilja återbetalning av den del som inte omfattas av kontrollen vid förfarandets inledande. Detta gäller under förutsättning att det inte går att fastställa att överskjutande mervärdesskatt kvarstår oavsett utgången av kontrollen. Det ankommer på den hänskjutande domstolen att pröva huruvida skattemyndigheten har identifierat eller borde ha identifierat en icke omtvistad del av det överskjutande mervärdesskattebeloppet före utgången av kontrollen.
Spärren gäller tills Skatteverket har fattat beslut i ärendet. Beslutet om att skjuta upp återbetalningen förfaller dock om Skatteverket inte vidtar någon kontrollåtgärd inom en månad och utbetalningsspärren ska då släppas. Kontrollåtgärder omfattar enligt 14 kap. 7 § tredje stycket SFF beslut om föreläggande enligt 37 kap. 6-10 §§ SFL eller revision.
Skatteverket har sedan en lång tid tillbaka ansett att ett förslag till beslut (övervägande) också är en sådan kontrollåtgärd som gör att innehållandebeslutet inte förfaller. Det har ifrågasatts om Skatteverket kan stå bakom en tolkning som går emot den strikta ordalydelsen. Det markeras numera i förvaltningslagen att en myndighet endast får vidta åtgärder som har stöd i rättsordningen (5 § FL). Skatteverket har därför bedömt att Skatteverkets extensiva tolkning av 14 kap. 7 § SFF inte längre ska gälla.
Utredningen ska påbörjas genom ett föreläggande eller genom ett beslut om revision. Om Skatteverket inte påbörjar utredningen inom en månad från dagen för beslutet om att skjuta upp återbetalningen ska utbetalningsspärren släppas. Det finns ingen tidsfrist för hur länge en utbetalningsspärr kan ligga kvar när ett föreläggande har sänts ut eller en revision har inletts. Allmänna skyndsamhetsprinciper gäller dock. Högsta förvaltningsdomstolen har i ett rättsfall uttalat att överskjutande ingående mervärdesskatt bör utredas med förtur (RÅ 1985 ref. 2:77).
Om möjligt bör Skatteverket fatta ett delbeslut om mervärdesskatten eller punktskatten under pågående revision, så att utbetalningsspärren släpps. Om det inte längre finns anledning att tro att redovisningen kommer att underkännas ska Skatteverket släppa utbetalningsspärren. Om det kommer fram uppgifter vid revisionen som ger anledning att höja någon annan skatt kan det finnas hinder för återbetalning för att det kan antas att överskottet behövs som betalning för den andra skatten (64 kap. 4 § 3 b SFL) Läs om belopp som kan behövas för ännu inte beslutad skatt.
Reglerna om hinder mot återbetalning av överskjutande ingående mervärdesskatt enligt 14 kap. 7 § SFF gäller inte för beslut som medför negativ utgående mervärdesskatt. Det kan däremot finnas skäl för att hindra en sådan återbetalning, men enligt 64 kap. 4 § SFL.
En utbetalningsspärr hindrar bara utbetalning. Den hindrar inte att det krediterade beloppet används för att betala andra skulder på kontot, vilket kan innebära att det inte finns något överskott att återbetala när utredningen är klar.
Skatteverket avräknar i dessa fall inte mot restförda skattekontoskulder om en återbetalning har spärrats av utredningsskäl.
Skatteförfarandeförordningen är en föreskrift till skatteförfarandelagen (SFL). Därför tillämpas SFL vid omprövning och överklagande av dessa beslut. Även SFL:s bestämmelser om kommunikation är tillämpliga. Då det är upp till Skatteverket att bestämma om deklarationen behöver kontrolleras anser Skatteverket att kommunikation inför sådana beslut är uppenbart obehövlig.