I vissa fall omfattas leverans av skog och odlingar samt upplåtelse eller överlåtelse av jordbruksarrende och avverkningsrätter samt rätten att ta naturprodukter m.m. av skatteplikt.
En leverans av växande skog, odling och annan växtlighet är skattepliktig om den görs utan samband med överlåtelse av marken (10 kap. 36 § första stycket 2 ML).
Vid skogsavverkning är all försäljning av träd utan samtidig försäljning av marken skattepliktig oavsett hur själva avverkningen görs. Det beror på att man antingen ska tillämpa bestämmelsen i 10 kap. 36 § första stycket 2 ML eller bestämmelsen om jordbruksarrende i 10 kap. 36 § första stycket 3 ML.
Upplåtelse eller överlåtelse av rätt till jordbruksarrende, avverkningsrätt och annan liknande rättighet, rätt att ta jord, sten eller andra naturprodukter samt rätt till jakt, fiske eller bete är skattepliktiga transaktioner (10 kap. 36 § första stycket 3 ML).
Vad som utgör jordbruksarrende regleras i 9 kap. JB. Med jordbruksarrende menas sådant arrende genom vilken jord upplåts till brukande (9 kap. 1 § JB). Om en bostadsfastighet ingår i arrendet omfattas även denna av skatteplikt, arrendatorn har i så fall avdragsrätt för hela den ingående skatten på arrendet trots att en del avser stadigvarande bostad. Här är alltså en skillnad jämfört med hur utgiften för arrendet behandlas i inkomstskattehänseende, där avdragsrätt inte finns till den del arrendet gäller bostadsdelen.
Beroende på omständigheterna kan antingen arrendatorn eller jordägaren bli skyldig att betala en s.k. avträdesersättning vid till- eller frånträde av arrende. Sådan betalning är inte en ersättning för ett tillhandahållande i ML:s mening. Avträdesersättningen ger därför varken upphov till en betalningsskyldighet eller avdragsrätt för mervärdesskatt.
En upplåtelse eller överlåtelse av rätt till bete är skattepliktig liksom en upplåtelse eller överlåtelse av jakt- och fiskerätt (10 kap. 36 § första stycket 3 ML). Det innebär bl.a. att den som säljer fiskekort ska betala mervärdesskatt om upplåtelsen eller överlåtelsen görs i egenskap av beskattningsbar person.
Skatteverket har tagit ställning i frågor om hur ersättningar för markintrång m.m. ska bedömas både inkomst- och mervärdesskatterättsligt. Skatteverket anser att mervärdesskatt ska tas ut när man säljer skogsprodukter, upplåter avverkningsrätt eller liknande rättigheter där inkomsten inkomstskattemässigt behandlas som en engångsersättning för allframtidsupplåtelse. Mervärdesskatten ska tas ut under förutsättning att den som tillhandhåller allframtidsupplåtelsen gör det i egenskap av beskattningsbar person. Leveransen eller tillhandahållandet omfattas av skatteplikt antingen enligt den generella bestämmelsen om skatteplikt i 10 kap. 2 § ML eller enligt 10 kap. 36 § ML. Det innebär att mervärdesbeskattning för avverkningsrätt och skogsprodukter ska ske även om dessa inkomstskattemässigt beskattas under inkomst av kapital.
Om ersättningar för allframtidsupplåtelser betalas ut och bara någon del av den ersättningen avser värdet av skogsprodukter eller skog avsedd för avverkning, så gäller skatteplikten bara den delen.