Företag som är godkända för tonnagebeskattning men också bedriver annan verksamhet anses bedriva blandad verksamhet. Dessa företag måste även beakta vissa särskilda regler.
Ett företag som bara bedriver verksamhet som omfattas av tonnagebeskattning kan ändå behöva hantera vissa poster utanför systemet med tonnagebeskattning. Mer om detta finns att läsa under Särskild hantering av vissa poster och Tidigare gjorda värdeminskningsavdrag.
Tonnagebeskattning kan väljas av alla företag som uppfyller villkoren för att bedriva kvalificerad rederiverksamhet. Det innebär att företag som både bedriver kvalificerad rederiverksamhet och annan verksamhet kan välja att rederiverksamheten ska tonnagebeskattas. Företaget kommer då att bedriva s.k. blandad verksamhet, vilket innebär att det har en verksamhet som omfattas av tonnagebeskattningen och där det skattepliktiga resultatet beräknas enligt reglerna för tonnagebeskattning samt en verksamhet som kommer att beskattas enligt vanliga regler (konventionellt).
Företag som bedriver blandad verksamhet måste fördela tillgångar och förpliktelser mellan verksamheterna, både vid inträdet i tonnagebeskattningssystemet och vid senare nyanskaffningar. Även löpande intäkter och kostnader måste fördelas mellan verksamheterna.
Vid inträde i tonnagebeskattningssystemet och vid nyanskaffningar ska företag som bedriver blandad verksamhet hänföra tillgångar och förpliktelser till den verksamhet som dessa tillhör (39 b kap. 11 § första stycket IL).
Om en tillgång eller förpliktelse ska delas upp mellan verksamheterna, ska fördelningen göras efter vad som är skäligt (39 b kap. 11 § andra stycket IL). Bedömningen av vad som är en skälig uppdelning bör ske utifrån en samlad bedömning av förhållandena i företaget. Företaget ska lämna uppgifter om principerna för fördelningen i sin inkomstdeklaration, som kan vara till ledning vid bedömningen av om fördelningen är skälig (31 kap. 15 a § SFL). Det är företaget som ska visa att fördelningen är skälig (prop. 2015/16:127 s. 68 och 123).
När det gäller fördelning av inventarier mellan kvalificerad rederiverksamhet och annan näringsverksamhet ska inventarier som till någon del används i den kvalificerade rederiverksamheten i sin helhet hänföras till den verksamheten (39 b kap. 12 § IL). Inventarier som används i den kvalificerade rederiverksamheten kan alltså inte till någon del hänföras till konventionellt beskattad verksamhet (prop. 2015/16:127 s. 123). Det innebär att företaget inte kan få värdeminskningsavdrag på dessa inventarier och de får inte ingå i avskrivningsunderlaget för inventarier (18 kap. 13 a § IL).
Företag som bedriver både kvalificerad rederiverksamhet och annan verksamhet ska hänföra intäkter och kostnader till den verksamhet som dessa tillhör (39 b kap. 13 § första stycket IL).
Om en intäkt eller kostnad ska delas upp mellan verksamheterna, ska fördelningen göras efter vad som är skäligt (39 b kap. 13 § första stycket IL). Finansiella intäkter och kostnader ska dock fördelas i förhållande till tillgångarnas bokförda värde i respektive verksamhet, om det inte klart framgår att en annan fördelning bättre motsvarar verkliga förhållanden (39 b kap. 13 § andra stycket IL).
Företaget ska lämna uppgifter om principerna för fördelningen i sin inkomstdeklaration, som kan vara till ledning vid bedömningen av om fördelningen är skälig (31 kap. 15 a § SFL).
Företag som både har inventarier som ingår i verksamhet som beskattas konventionellt och inventarier som ingår i den kvalificerade rederiverksamheten gör enligt redovisningsreglerna avskrivningar på samtliga inventarier i sitt årsbokslut, d.v.s. även på sådana inventarier som ingår i den kvalificerade rederiverksamheten. Vid beskattningen får företaget dock inte göra värdeminskningsavdrag på inventarier som ingår i den kvalificerade rederiverksamheten (39 b kap. 10 § IL, 39 b kap. 12 § IL och 18 kap. 13 a § IL).
Det finns ett starkt samband mellan redovisning och beskattning när det gäller räkenskapsenlig avskrivning. Räkenskapsenlig avskrivning får bara tillämpas om den skattskyldiga haft ordnad bokföring som avslutas med årsbokslut och om avdraget vid beskattningen motsvarar avskrivningen i bokslutet (18 kap. 14 § IL). När inventariernas värde i balansräkningen inte överensstämmer med deras skattemässiga värde kan företagets möjlighet att använda räkenskapsenlig avskrivning gå förlorad.
För företag som har blandad verksamhet kommer den totala avskrivningen som görs i årsbokslutet att skilja sig från de värdeminskningsavdrag som görs vid beskattningen och skattemässigt värde på inventarierna kommer därför inte att överensstämma med deras värde i balansräkningen. För att företaget även i dessa fall ska kunna tillämpa räkenskapsenlig avskrivning ska man bortse från avskrivningar på sådana inventarier som ingår i kvalificerad rederiverksamhet när jämförelsen med det skattemässiga värdeminskningsavdraget görs (18 kap. 14 § tredje stycket IL).
Ett system med tonnagebeskattning kan ge företag incitament att maximera vinsten i verksamhet som tonnagebeskattas och minimera resultatet i verksamhet som beskattas konventionellt. Det behövs därför regler som förhindrar att tillgångar förs över till ett pris som understiger marknadsvärdet från verksamhet som beskattas konventionellt till verksamhet som tonnagebeskattas (prop. 2015/16:127 s. 71).
Transaktioner av sådant slag som beskrivs ovan, från verksamhet som beskattas konventionellt till verksamhet som tonnagebeskattas, omfattas av bestämmelserna om uttag ur näringsverksamhet (22 kap. 5 § 6 IL). Bestämmelserna om underprisöverlåtelser i 23 kap. IL gäller inte för överlåtelse som innebär att tillgångar förs över till en kvalificerad rederiverksamhet (23 kap. 2 § första stycket 4 IL).
Vinstöverföringar kan även ske genom att tillgångar eller tjänster säljs eller på annat sätt förs över till ett pris som överstiger marknadsvärdet från en kvalificerad rederiverksamhet till näringsverksamhet som beskattas konventionellt. Överföringar av en tillgång eller en tjänst från en kvalificerad rederiverksamhet till en annan näringsverksamhet ska därför behandlas som om överföringen har skett mot en ersättning som motsvarar marknadsvärdet (39 b kap. 28 § IL).
Regeln innebär att om de villkor som avtalats avviker från vad som skulle ha avtalats mellan oberoende näringsidkare, ska transaktionen ändå behandlas som om den har skett till marknadsmässiga villkor (prop. 2015/16:127 s. 127).