I ett särskilt avtal mellan Danmark och Sverige regleras bl.a. vad som gäller för avdrag och återbetalning av mervärdesskatten på passageavgiften vid överfart på den fasta vägförbindelsen över Öresund (lag [2000:142] om avtal med Danmark om mervärdesskatt för den fasta vägförbindelsen över Öresund). Av artikel 3 i avtalet framgår att beskattningsunderlaget för passageavgiften ska fördelas lika mellan Danmark och Sverige. Av beskattningsunderlaget tillkommer alltså 50 procent Danmark och 50 procent Sverige.
Svenska beskattningsbara personer kan i överensstämmelse med de svenska reglerna dra av såväl dansk som svensk mervärdesskatt på passageavgiften i sina svenska deklarationer (jmf artikel 4 i avtalet och prop. 2022/23:46 s. 344). Detta trots att hälften av beskattningsunderlaget tillfaller Danmark. Danska företagare får göra avdrag för såväl dansk som svensk skatt i sina danska deklarationer (jmf prop. 1999/2000:58 s. 18).
Företagare som inte är registrerade för mervärdesskatt vare sig i Sverige eller i Danmark kan ansöka om återbetalning av hela mervärdesskatten på passageavgiften enligt vad som framgår av Beskattningsbar person i andra EU-länder respektive Beskattningsbar person utanför EU (jmf prop. 1999/2000:58 s. 21 samt artikel 2 och 5 i avtalet).