En delägare i en samfällighet för vattenreglering, väghållning eller liknande ändamål får dra av sin andel av samfällighetens ingående skatt. Avdragsrätten förutsätter dock att delägaren är en beskattningsbar person och att fastigheten ifråga används för den beskattningsbara personens transaktioner som medför avdragsrätt, t.ex. jord- och skogsbruk. Avdraget får göras för den del av samfällighetens ingående skatt på inköp av varor och tjänster, unionsinterna förvärv av varor samt import och som motsvarar den beskattningsbara personens andel av samfällighetens förvärv (13 kap. 8 § första stycket 2 ML ). Avdragsrätt finns i den utsträckning den beskattningsbara personen använder fastigheten för sina beskattade transaktioner inom landet. Avdragsrätt finns även vid användning utom landet och vid vissa undantagna transaktioner (jämför 13 kap. 9–11 §§ ML). Avdrag för ingående skatt får inte göras till den del fastigheten är en stadigvarande bostad. I övrigt gäller allmänna regler för avdragsrätt.
Skatteverket anser att en grundförutsättning för avdragsrätt för en delägare i en samfällighet som förvaltas av en samfällighetsförening är att föreningen inte agerar i egenskap av beskattningsbar person för sina leveranser av varor och tillhandahållanden av tjänster till delägarna (medlemmarna) och av den anledningen inte heller har avdragsrätt för ingående skatt på föreningens förvärv.
En samfällighetsförening som fortlöpande förvaltar gemensamhetsanläggningar mot ersättning är normalt en beskattningsbar person (Skatteverkets ställningstagande Samfällighetsföreningars tillhandahållanden till medlemmar).
Som en konsekvens av ovan nämnda bedömning minskar tillämpningsområdet för bestämmelsen i 13 kap. 8 § första stycket 2 ML. En samfällighetsförening som är en beskattningsbar person har normalt avdragsrätt, enligt huvudregeln i 13 kap. 6 § ML, för ingående skatt på sina förvärv som avser tillhandahållanden till medlemmarna. Detta innebär att delägarna i en samfällighet som förvaltas av en sådan förening inte kan åberopa bestämmelsen i 13 kap. 8 § första stycket 2 ML för avdragsrätt hänförlig till föreningens förvärv. Däremot kan delägarna ha avdragsrätt enligt 13 kap. 6 § ML och 13 kap. 9–11 §§ ML för den mervärdesskatt på leverans av varor eller tillhandahållande av tjänster som sker från samfällighetsföreningen.
Om samfällighetsföreningens verksamhet däremot inte utgör ekonomisk verksamhet har föreningen ingen avdragsrätt för ingående skatt på de förvärv som den gör. Avdragsrätt för dessa förvärv kan då istället finnas för delägarna i samfälligheten om övriga villkor är uppfyllda. Ett exempel på en sådan situation kan vara om samfällighetsföreningen omfattas av reglerna för beskattningsbara personer med liten årsomsättning. Ett annat exempel kan vara om samfällighetsföreningen inte tar betalt av delägarna, d.v.s. det sker ingen leverans av varor eller tillhandahållande av tjänster till delägarna mot ersättning. En sådan förvaltningsverksamhet får ses som en icke-ekonomisk verksamhet och därmed finns ingen avdragsrätt för samfällighetsföreningen.