Om koncernavdraget ska ändras i efterhand ska detta göras olika beskattningsår beroende på om ändringen beror på ett beslut från utländsk myndighet eller domstol, eller om det ska ändras av någon annan anledning.
Koncernavdraget görs vid beskattningen för det beskattningsår då likvidationen av dotterföretaget har avslutats (35 a kap. 5 § 3 IL). Om förutsättningarna för avdraget ändras kan avdraget behöva justeras uppåt eller nedåt i efterhand.
Det finns en särskild regel för justeringar som föranleds av att en utländsk myndighet eller domstol har meddelat ett beslut som har betydelse för hur storleken på koncernavdraget ska beräknas (35 a kap. 11 § IL). Det kan exempelvis gälla att dotterföretagets utländska beskattning ändrats efter ett överklagande.
I sådana fall omprövar man inte moderföretagets beskattning för det år då likvidationen avslutades, utan i stället görs justeringen det beskattningsår då den utländska myndighetens eller domstolens beslut vunnit laga kraft.
Om beslutet innebär att koncernavdrag har gjorts med för högt belopp, ska moderföretaget ta upp mellanskillnaden det beskattningsår då beslutet har vunnit laga kraft (35 a kap. 11 § första stycket IL).
Om beslutet i stället innebär att avdrag har gjorts med för lågt belopp, ska mellanskillnaden på begäran av moderföretaget dras av det beskattningsår då beslutet har vunnit laga kraft (35 a kap. 11 § andra stycket IL). Formuleringen ”på begäran av moderföretaget” ska inte tolkas som att moderföretaget skulle ha en valfrihet att i stället yrka det ytterligare avdraget för det år då det ursprungliga avdraget gjordes. Innebörden är endast att moderföretaget inte får något ytterligare avdrag om det inte yrkar det.
De begränsningar av avdragets storlek som beskrivs på sidan Storleken på koncernavdraget ska beaktas även när avdraget justeras i efterhand. Det sammanlagda koncernavdraget (ursprungligt avdrag + ytterligare avdrag i efterhand) kan därför inte bli större än det positiva resultatet hos moderföretaget för det år då det ursprungliga avdraget gjordes (prop 2009/10:194 s. 49).
Däremot behöver det ytterligare avdraget inte rymmas inom moderföretagets positiva resultat för det senare år då justeringen av avdraget görs. Avdraget kan alltså medföra eller öka ett underskott hos moderföretaget för det år då det ytterligare avdraget görs.
Om beräkningen av koncernavdraget ska ändras av någon annan anledning än efter beslut från en utländsk myndighet eller domstol, tillämpas inte bestämmelsen i 35 a kap 11 § IL, utan korrigeringen ska hanteras enligt vanliga förfarandeprinciper. Det innebär att avdraget omprövas för det beskattningsår då det gjordes.
Det gäller exempelvis om årsbeskattningen för moderföretaget omprövats så att ett större, eller mindre, koncernavdrag ryms inom moderföretagets resultat.